## 2006-09-20 # Ligand dataset for the benchmark of AnnoLyze program ## DESCRIPTION # The ligand set. The LigBase database contains information for 30,126 chains and # co-crystallized small molecules. This list of chains was filtered to remove # redundancies resulting in a list of representative chains such that the MAMMOTH # alignment of any two chains in the list fails at least one of the following four # cut-offs: a minimum of 30% sequence identity, a minimum of 75% of Calpha atoms # aligned within 4A, a maximum of 3A Calpha RMSD, and a maximum of 50 residues # difference in length. Each non-redundant chain represents all other PDB chains # in the initial list that pass the cut-offs listed above for all pairwise comparisons within # the group; where possible, the representative was picked by maximizing its resolution. # This resulted in final list of 4,948 protein chains and associated ligands. ## COLUMNS # 1. CHAIN: PDB chain identifier # 2. LIGAND CODE: ligand code # 3. LIGAND ID: PDB identification number for the ligand # 4. LIGAND NAME: descriptive name for each ligand # 5. BINDING SITE: binding site residue numbers (as PDB numbering) ## DATA 1e2fA TMP 301 THYMIDINE-5'-PHOSPHATE 15 19 20 42 43 45 57 72 76 96 97 98 101 102 105 149 150 151 1e2fA ADP 302 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE 14 15 16 17 18 19 20 21 22 24 96 143 180 182 183 184 187 1e2fA ANP 303 PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ES 14 15 16 17 18 19 20 21 22 96 97 143 152 180 182 183 184 187 1e2fA MG 401 MAGNESIUM ION 19 20 96 1e2fA MG 402 MAGNESIUM ION 115 119 2ngrA GDP 198 GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE 11 12 13 14 15 16 17 18 19 28 29 30 31 32 33 35 57 116 118 119 158 159 160 2ngrA MG 199 MAGNESIUM ION 17 33 34 35 57 58 2ngrA AF3 200 ALUMINUM FLUORIDE 10 11 12 13 16 17 32 33 34 35 58 59 60 61 1ht1I ADP 2450 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE 321 1ht1I ADP 3450 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE 63 64 61 62 60 59 393 65 254 58 392 396 335 343 17 18 20 16 347 1e93A OMT 53 S-DIOXYMETHIONINE 51 52 54 55 95 96 140 143 144 147 148 1e93A HEM 600 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE 51 52 54 91 93 110 111 112 125 126 127 132 137 140 194 195 196 197 278 311 312 313 329 332 333 336 337 340 341 344 1e93A ACT 700 ACETATE ION 338 342 347 349 1e93A SO4 800 SULFATE ION 416 417 419 420 423 462 1e7wA NDP 300 NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE- 13 15 16 17 18 19 36 37 38 39 40 64 65 66 67 108 109 110 111 112 142 146 147 179 180 181 194 198 224 225 226 227 228 229 232 1e7wA MTX 301 METHOTREXATE 17 111 112 113 115 181 188 189 191 194 225 226 229 232 233 241 1e7wA EDO 1289 1,2-ETHANEDIOL 185 199 202 203 206 1e7wA EDO 1290 1,2-ETHANEDIOL 113 181 183 184 188 194 225 1e7uA KWT 1833 (1S,6BR,9AS,11R,11BR)-9A,11B-DIMETHYL-1- 804 806 808 810 812 831 833 838 841 867 879 880 881 882 887 890 950 951 953 961 963 964 965 1e8bA NAG 161 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 121 123 124 125 126 146 147 1e87A ZN 1001 ZINC ION 89 116 1e87A GOL 1002 GLYCEROL 105 107 108 186 187 189 1e85A PCA 1 5-OXOPROLINE 2 3 7 1e85A KIM 95 103 106 107 1e85A HEC 128 HEM C 9 12 13 16 17 19 20 23 56 59 65 66 67 68 72 79 82 83 86 112 115 116 119 120 123 124 1e85A NMO 130 NITROGEN MONOXIDE 116 119 120 124 1oewA SUI 54 (3-AMINO-2,5-DIOXO-1-PYRROLIDINYL)ACETIC 44 52 53 55 56 116 118 119 1oewA SER 401 SERINE 37 77 78 79 193 216 218 221 301 303 1oewA THR 402 THREONINE 37 38 76 77 78 79 132 134 193 1oewA GOL 410 GLYCEROL 254 255 278 280 281 289 1oewA SO4 500 SULFATE ION 178 180 181 182 1oewA SO4 501 SULFATE ION 83 111 112 113 114 1oewA SO4 502 SULFATE ION 71 73 136 137 1oewA SO4 503 SULFATE ION 183 267 268 269 328 1oewA SO4 504 SULFATE ION 141 1h8eF ADP 600 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE 355 358 368 372 163 162 160 159 161 158 157 164 165 192 345 424 421 418 346 425 1h8eF MG 601 MAGNESIUM ION 192 163 256 189 188 162 1h8eF ALF 620 TETRAFLUOROALUMINATE ION 189 188 162 311 159 158 260 157 163 1h8eF GOL 700 GLYCEROL 345 341 340 159 337 158 160 1skyB SO4 1 SULFATE ION 170 171 172 173 174 175 176 177 261 1skyE SO4 1 SULFATE ION 159 160 161 162 163 164 165 1e7yA BG6 501 BETA-D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE 148 178 179 182 216 223 226 227 235 236 239 240 338 343 345 374 1e7yA CA 508 CALCIUM ION 319 476 477 1e7yA NDP 509 NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE- 12 13 14 15 16 17 44 45 46 47 84 85 86 117 118 122 1e4mM NAG 901 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 17 18 19 20 21 23 24 501 1e4mM NAG 911 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 90 499 500 1e4mM NAG 921 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 207 208 217 218 220 221 345 1e4mM NAG 923 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 305 306 1e4mM NAG 931 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 165 236 239 240 243 244 1e4mM NAG 941 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 265 267 268 362 363 1e4mM NAG 951 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 292 294 295 296 297 1e4mM FUC 952 FUCOSE 297 1e4mM NAG 953 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 297 300 1e4mM XYS 955 XYLOPYRANOSE 309 1e4mM MAN 956 ALPHA-D-MANNOSE 297 300 301 1e4mM NAG 961 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 57 58 60 213 1e4mM NAG 971 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 344 346 351 1e4mM NAG 991 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 482 484 485 1e4mM ZN 1502 ZINC ION 56 68 70 1e4mM SO4 1503 SULFATE ION 153 205 216 217 222 1e4mM SO4 1504 SULFATE ION 108 110 111 151 1e4mM SO4 1505 SULFATE ION 189 194 259 333 357 359 1e4mM SO4 1506 SULFATE ION 6 7 8 9 1e4mM SO4 1507 SULFATE ION 269 270 273 277 337 1e4mM SO4 1508 SULFATE ION 109 113 170 173 174 1e4mM SO4 1509 SULFATE ION 60 64 66 1e4mM SO4 1510 SULFATE ION 189 193 194 198 200 259 1e4mM GOL 1511 GLYCEROL 269 1e4mM GOL 1512 GLYCEROL 50 51 53 54 57 58 146 149 150 153 202 203 204 215 1e4mM GOL 1513 GLYCEROL 180 246 247 248 249 1e4mM GOL 1514 GLYCEROL 129 132 133 134 135 1e4mM GOL 1515 GLYCEROL 36 39 141 142 186 187 328 330 409 457 462 464 465 1jzgA CU1 901 COPPER (I) ION 45 46 47 112 114 117 121 1jzgA IMF 902 TETRA(IMIDAZOLE)DIAQUACOPPER (I) 24 25 26 27 98 99 100 102 103 127 1jzgA RTB 903 (2,2' 70 71 73 74 75 76 77 80 81 82 83 1e66A NAG 801 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 16 59 61 62 1e66A NAG 802 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 415 416 417 494 1e66A HUX 803 3-CHLORO-9-ETHYL-6,7,8,9,10,11-HEXAHYDRO 72 80 81 84 117 118 119 121 122 130 199 200 290 330 331 334 432 436 439 440 441 442 1ogiA FAD 304 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE 59 77 78 79 80 98 99 100 102 104 107 108 114 115 116 117 118 119 157 160 301 303 1ogiA SO4 307 SULFATE ION 194 223 224 233 235 1eu1A CSD 219 3-SULFINOALANINE 183 186 217 218 220 221 225 227 228 233 234 235 236 1eu1A MGD 1001 2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9 114 115 116 117 118 123 125 146 147 326 431 432 433 434 435 438 440 458 459 460 461 463 475 476 481 511 641 642 643 648 649 650 651 715 736 737 740 754 755 757 1eu1A MGD 1002 2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9 41 116 147 184 185 186 187 190 191 193 194 220 221 222 223 225 238 239 240 241 243 321 322 323 324 326 327 359 360 640 642 643 644 645 647 648 649 715 755 1eu1A EPE 2001 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESU 114 116 145 147 165 196 360 385 1eu1A GLC 2002 GLUCOSE 509 513 1eu1A GLC 2003 GLUCOSE 7 9 18 32 33 34 565 566 567 569 1eu1A GLC 2004 GLUCOSE 401 404 422 742 743 744 747 750 1eu1A SO4 2005 SULFATE ION 274 278 283 284 618 620 1eu1A CD 2006 CADMIUM ION 87 91 521 1eu1A 6MO 3000 MOLYBDENUM(VI) ION 114 116 145 146 147 643 649 1eu1A OX 3001 BOUND OXYGEN 114 116 147 649 1eu1A OX 3002 BOUND OXYGEN 114 145 146 147 1e58A SO4 1001 SULFATE ION 9 10 16 20 21 22 23 61 88 89 91 99 1e58A SO4 1002 SULFATE ION 9 89 91 99 115 116 185 206 1e58A PHS 1010 PHOSPHONO GROUP 9 10 16 61 88 183 184 1e58A CL 2001 CHLORIDE ION 67 80 82 1e54A PCA 1 PYROGLUTAMIC ACID 2 3 44 45 46 52 1e54A CA 500 CALCIUM ION 29 30 64 309 310 1e54A SO4 600 SULFATE ION 35 36 38 75 108 1e53A ZN 1 ZINC ION 345 346 347 348 349 350 352 367 368 371 1e53A ZN 2 ZINC ION 328 331 360 362 363 365 376 380 1ohlA ZN 400 ZINC ION 133 134 135 143 179 180 232 1ohlA BME 1224 BETA-MERCAPTOETHANOL 65 220 221 223 224 1ohlA PBG 1263 3-[5-(AMINOMETHYL)-4-(CARBOXYMETHYL)-1H- 89 131 133 135 136 143 179 180 207 210 215 216 219 220 225 232 236 263 287 288 289 290 329 1pv8A PB1 350 3-(2-AMINOETHYL)-4-(AMINOMETHYL)HEPTANED 79 120 168 196 199 204 205 208 209 252 276 278 279 318 1pv8A ZN 401 ZINC ION 122 123 124 168 169 1e4cP SO4 301 SULFATE ION 64 71 72 74 75 132 1e4cP BME 314 BETA-MERCAPTOETHANOL 14 17 23 25 26 28 29 30 41 45 46 47 50 1e4cP ZN 999 ZINC ION 27 73 76 92 94 155 3eipB ZN 285 ZINC ION 46 47 1e44B EDO 401 1,2-ETHANEDIOL 15 26 41 42 43 1e43A CA 501 CALCIUM ION 102 193 194 195 200 201 235 236 1e43A CA 502 CALCIUM ION 159 181 182 183 194 202 203 204 1e43A CA 503 CALCIUM ION 421 422 443 444 447 449 482 1e43A CA 504 CALCIUM ION 300 301 302 303 304 406 407 430 1e43A NA 505 CALCIUM ION 159 182 183 194 200 201 202 203 1e42B DTT 950 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE 834 837 838 877 879 888 1e42B MO5 960 MAGNESIUM ION, 5 WATERS COORDINATED 731 828 869 870 871 872 874 1e42B MO5 961 MAGNESIUM ION, 5 WATERS COORDINATED 841 849 851 902 904 915 1e42B MO5 962 MAGNESIUM ION, 5 WATERS COORDINATED 841 842 843 844 845 846 917 1e42B NIK 970 PENTAAQUANICKEL 733 734 735 1e42B CL 971 CHLORIDE ION 753 754 755 768 769 770 1e42B CL 972 CHLORIDE ION 756 792 793 794 1e42B GOL 980 GLYCEROL 761 762 796 800 893 895 897 920 922 923 1qjdA HEC 801 HEM C 4 5 8 9 12 13 14 16 17 18 24 29 32 69 73 74 75 76 298 1qjdA HEC 802 HEM C 4 7 8 12 16 17 32 35 36 38 39 40 68 69 72 93 94 1qjdA HEC 803 HEM C 36 37 40 41 42 43 46 49 50 52 57 58 66 67 68 70 71 72 80 81 82 89 90 91 92 93 1qjdA HEC 804 HEM C 54 55 56 57 60 61 62 81 82 84 85 86 88 90 167 336 337 338 339 374 375 431 434 435 437 438 1qjdA FAD 805 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE 132 133 134 135 136 137 138 155 156 157 158 162 163 164 165 167 168 169 170 171 253 276 277 278 312 313 314 336 337 338 340 344 345 348 375 504 505 532 533 534 535 544 546 547 548 549 550 551 553 1qjdA TEO 806 MALATE LIKE INTERMEDIATE 169 170 236 363 365 375 376 377 378 379 402 504 544 545 546 547 548 549 1qjdA NA 810 HEM C 505 506 507 508 509 533 534 535 536 537 1qjdA GOL 850 GLYCEROL 371 442 453 454 498 1gvkB ACE 4 ACETYL GROUP 99 172 175 215 216 217 1gvkB CA 1246 CALCIUM ION 70 71 72 73 74 75 76 77 80 1gvkB SO4 1247 SULFATE ION 126 127 129 178 230 232 233 1gvkB SO4 1248 SULFATE ION 41 42 57 58 61 191 192 193 194 195 1c1pA BAI 246 (5-AMIDINO-2-BENZIMIDAZOLYL)(2-BENZIMIDA 57 94 96 99 189 190 191 192 193 194 195 213 214 215 216 217 219 220 221 224 225 226 227 228 1c1pA CA 247 CALCIUM ION 70 71 72 73 74 75 76 77 80 82 1c1pA MG 263 MAGNESIUM ION 30 43 44 139 140 141 155 193 194 195 196 197 198 213 1c1pA DMS 333 DIMETHYL SULFOXIDE 96 97 98 99 172 175 180 215 1c1pA SO4 467 SULFATE ION 41 42 57 58 191 192 193 194 195 214 1c1pA SO4 468 SULFATE ION 169 177 178 1l1gA GOL 250 GLYCEROL 88 89 164 167 208 209 210 211 1l1gA SO4 251 SULFATE ION 29 30 45 46 184 185 186 187 188 1l1gA NA 260 SULFATE ION 59 60 61 62 63 64 65 66 69 71 1l1gA XE 261 XENON 183 184 185 188 206 207 208 209 1l1gA BR 262 BROMIDE ION 11 12 13 14 15 193 1l1gA BR 263 BROMIDE ION 118 225 227 228 1l1gA BR 264 BROMIDE ION 100 101 102 1l1gA BR 265 BROMIDE ION 36 37 111 1l1gA BR 266 BROMIDE ION 119 120 121 173 225 1l1gA BR 267 BROMIDE ION 115 116 119 196 203 1l1gA BR 269 BROMIDE ION 75 76 77 1l1gA BR 285 BROMIDE ION 117 227 228 229 230 231 1auk_ MG 44 MAGNESIUM ION 29 30 68 73 123 229 281 282 302 1auk_ FGL 69 L-2-AMINO-3-OXOPROPIONIC ACID 67 68 70 71 72 73 91 125 281 282 1auk_ NAG 601 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 142 143 144 145 183 184 204 1auk_ NAG 602 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 117 142 143 207 211 215 1e32A ADP 800 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE 205 206 207 208 209 246 247 248 249 250 251 252 253 304 380 383 384 408 409 412 1f3hB ZN2 342 ZINC ION ON 3-FOLD CRYSTAL AXIS 57 59 60 77 81 84 86 87 1f3hB SO4 502 SULFATE ION 103 106 1cur_ CU 85 COPPER (II) ION 83 85 86 138 140 143 148 1e29A HEC 136 HEME C 33 36 37 39 40 41 46 48 49 51 52 53 54 58 59 62 66 72 75 76 80 81 82 88 92 93 104 115 119 1e29A CA 225 CALCIUM ION 49 50 1e29A CA 226 CALCIUM ION 34 35 36 1e29A CA 227 CALCIUM ION 35 36 103 107 8dfr_ NDP 191 NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUC 7 8 9 16 17 18 19 20 21 22 24 53 54 55 56 59 75 76 77 78 79 91 92 93 115 116 117 118 119 120 121 123 146 8dfr_ CA 200 CALCIUM ION 54 78 1e25A SO4 500 SULFATE ION 70 130 216 220 234 235 236 237 1e1oA LYS 510 LYSINE 216 217 237 238 240 244 260 262 276 278 280 424 425 426 428 473 474 475 1e1oA GOL 520 GLYCEROL 190 194 204 257 258 275 1e1oA GOL 521 GLYCEROL 286 390 391 392 403 409 410 411 412 1e1oA GOL 522 GLYCEROL 314 315 381 382 384 1e1oA GOL 523 GLYCEROL 216 217 218 240 396 397 398 399 412 424 426 454 1e1oA GOL 524 GLYCEROL 314 315 316 384 385 1e1oA GOL 525 GLYCEROL 270 271 274 477 480 491 1e1oA GOL 526 GLYCEROL 214 215 216 217 218 219 220 221 237 446 451 452 453 454 455 1e1oA GOL 527 GLYCEROL 333 337 339 1mvlA FMN 1001 FLAVIN MONONUCLEOTIDE 27 28 29 30 31 53 55 56 59 105 106 107 108 109 112 120 140 141 142 145 1e19A ADP 315 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE 10 11 12 215 216 234 235 236 237 239 240 241 244 251 268 269 270 272 273 274 277 1e19A MG 316 MAGNESIUM ION 272 273 277 1e19B ADP 315 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE 10 11 12 215 216 234 235 236 237 239 240 241 244 251 268 269 270 272 273 274 277 1e19B MG 316 MAGNESIUM ION 215 272 273 277 6prcL HEM 203 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE 162 165 6prcL BCB 301 BACTERIOCHLOROPHYLL B 168 173 174 177 178 181 182 185 220 221 222 6prcL BCB 302 BACTERIOCHLOROPHYLL B 97 121 124 125 127 128 131 156 157 158 160 161 162 167 168 170 172 173 176 177 180 181 240 241 244 245 247 248 6prcL BCB 303 BACTERIOCHLOROPHYLL B 157 162 168 180 181 6prcL BCB 304 BACTERIOCHLOROPHYLL B 46 49 97 128 131 146 150 151 153 154 156 157 6prcL BPB 401 BACTERIOPHEOPHYTIN B 181 182 184 185 188 189 216 219 220 6prcL BPB 402 BACTERIOPHEOPHYTIN B 41 42 45 46 49 89 92 93 96 97 100 104 117 120 121 123 124 128 146 147 148 149 150 153 237 238 240 241 6prcL FE2 500 FE(II) ION 190 194 230 6prcL 7MQ 501 MENAQUINONE-7 (ALTERED) 26 29 30 31 35 39 42 100 103 6prcL CEB 502 2-CHLORO-4-ETHYLAMINO-6-(S(-)-2'-CYANO-4 186 189 190 193 212 213 216 220 222 223 224 225 226 229 232 6prcL LDA 702 LAURYL DIMETHYLAMINE-OXIDE 60 61 62 151 154 6prcL LDA 705 LAURYL DIMETHYLAMINE-OXIDE 29 6prcL SO4 802 SULFATE ION 195 199 1dxrH FME 1 N-FORMYLMETHIONINE 2 3 1dxrH LDA 701 LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE 33 29 25 28 24 21 1dxrH LDA 702 LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE 17 18 1dxrH LDA 703 LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE 59 64 62 34 60 63 61 65 79 81 80 42 41 1dxrH LDA 705 LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE 25 21 1dxrH SO4 801 SULFATE ION 61 37 43 41 33 1dxrH SO4 802 SULFATE ION 31 1dxrH SO4 803 SULFATE ION 246 211 1m0mA RET 301 RETINAL 83 86 89 90 93 118 119 122 138 141 142 145 182 185 186 189 208 212 215 216 1m0mA LI1 601 1-[2,6,10.14-TETRAMETHYL-HEXADECAN-16-YL 133 136 139 140 143 1m0mA LI1 602 1-[2,6,10.14-TETRAMETHYL-HEXADECAN-16-YL 131 132 135 136 138 139 190 196 1m0mA LI1 603 1-[2,6,10.14-TETRAMETHYL-HEXADECAN-16-YL 138 142 183 186 187 190 196 198 1m0mA LI1 604 1-[2,6,10.14-TETRAMETHYL-HEXADECAN-16-YL 191 198 199 1m0mA LI1 606 1-[2,6,10.14-TETRAMETHYL-HEXADECAN-16-YL 14 17 18 22 61 1m0mA LI1 607 1-[2,6,10.14-TETRAMETHYL-HEXADECAN-16-YL 52 55 56 64 80 88 1m0mA LI1 608 1-[2,6,10.14-TETRAMETHYL-HEXADECAN-16-YL 139 142 143 146 1m0mA LI1 609 1-[2,6,10.14-TETRAMETHYL-HEXADECAN-16-YL 154 1m0mA LI1 610 1-[2,6,10.14-TETRAMETHYL-HEXADECAN-16-YL 153 172 175 176 179 180 181 183 184 187 1m0mA LI1 611 1-[2,6,10.14-TETRAMETHYL-HEXADECAN-16-YL 22 25 26 29 30 1m0mA LI1 612 1-[2,6,10.14-TETRAMETHYL-HEXADECAN-16-YL 21 24 25 28 40 43 44 47 48 51 54 1m0mA LI1 613 1-[2,6,10.14-TETRAMETHYL-HEXADECAN-16-YL 87 88 91 92 95 108 112 1m0mA SQU 701 2,10,23-TRIMETHYL-TETRACOSANE 19 22 23 26 210 213 214 217 218 221 1e10A ACE 129 ACE 60 116 118 119 1e10A FES 130 FES 60 61 62 63 64 68 69 70 71 100 101 102 103 1e9oB CU 152 COPPER (II) ION 44 46 61 116 118 1e9oB CU 153 COPPER (II) ION 61 69 70 78 81 134 1e1xA ACE 0 ACETYL GROUP 1 2 3 4 70 72 1e1xA NW1 401 6-CYCLOHEXYLMETHYLOXY-5-NITROSO-PYRIMIDI 10 11 12 13 18 31 33 64 80 81 82 83 84 86 131 134 144 145 1e9rF SO4 601 SULFATE ION 132 134 133 137 136 135 131 130 413 1e9rF SO4 602 SULFATE ION 169 498 170 168 1e9rF SO4 603 SULFATE ION 207 202 198 221 214 1gntA FS4 1554 IRON/SULFUR CLUSTER 1 3 4 5 6 8 9 15 19 20 21 23 71 1gntA FSO 1555 IRON/SULFUR/OXYGEN HYBRID CLUSTER 244 268 292 311 312 405 406 407 433 434 459 493 494 495 496 497 1h1sB TPO 160 PHOSPHOTHREONINE 270 269 1e9gB MN 2005 MANGANESE (II) ION 93 101 115 117 118 120 152 154 1e9gB MN 2006 MANGANESE (II) ION 48 56 58 93 94 95 117 118 120 154 1e9gB MN 2007 MANGANESE (II) ION 56 58 71 78 117 1e9gB MN 2008 MANGANESE (II) ION 115 120 145 147 152 154 192 193 1e9gB PO4 3001 PHOSPHATE ION 56 58 71 78 89 115 147 148 152 192 193 198 1e9gB PO4 3002 PHOSPHATE ION 48 56 58 89 93 115 117 120 147 152 154 189 192 1oneA MG 438 MAGNESIUM ION 167 168 246 295 296 320 343 345 396 1oneA MG 439 MAGNESIUM ION 39 40 167 320 321 345 374 1oneA PEP 440 PHOSPHOENOLPYRUVATE 36 37 38 39 40 159 167 168 211 246 248 295 320 343 345 372 373 374 375 396 1oneA PAG 441 2-PHOSPHO-D-GLYCERIC ACID 36 37 38 39 40 44 159 167 168 211 246 248 295 320 343 345 372 373 374 375 376 396 1hd7A PB 1319 LEAD (II) ION 68 70 96 98 308 1e9jA NAG 1052 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 37 38 39 41 47 48 49 52 54 1e9jA NAG 1078 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 18 22 23 24 25 26 66 68 78 79 80 1b9rA FES 106 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER 24 36 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 84 86 87 1e9xA HEM 460 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE 62 63 72 76 97 101 105 152 256 257 260 261 264 315 320 321 324 325 326 385 386 387 388 391 392 393 394 395 396 399 400 1e9xA PIM 470 4-PHENYL-1H-IMIDAZOLE 76 78 79 255 256 257 259 260 321 394 4ubpC KCX 220 LYSINE NZ-CARBOXYLIC ACID 137 139 170 171 172 173 197 198 199 200 201 218 219 221 222 247 248 249 274 275 363 4ubpC NI 798 NICKEL (II) ION 137 170 222 249 275 280 363 4ubpC NI 799 NICKEL (II) ION 137 139 170 172 275 363 366 4ubpC HAE 800 2-HYDROXYAMINO-2-ETHANAL 137 139 170 222 249 275 280 339 363 366 367 1e8vB NAG 841 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 340 341 1e8vB CA 1002 CALCIUM ION 256 261 262 264 265 266 267 268 296 297 1e8vB DAN 1570 2-DEOXY-2,3-DEHYDRO-N-ACETYL-NEURAMINIC 174 175 237 258 262 299 317 363 364 401 416 418 466 498 526 1e8vB DAN 1571 2-DEOXY-2,3-DEHYDRO-N-ACETYL-NEURAMINIC 144 479 481 483 1e8vB NAG 1572 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 479 1qj4A GOL 300 GLYCEROL 11 12 13 14 80 81 121 128 146 148 157 178 209 210 235 1qj4A SO4 400 SULFATE ION 150 167 170 1qj4A SO4 401 SULFATE ION 116 120 217 1qj4A SO4 402 SULFATE ION 137 138 139 140 141 1qj4A SO4 403 SULFATE ION 141 142 181 182 185 1h2wA GOL 792 GLYCEROL 225 226 227 228 262 276 279 281 1e8oB SO4 1002 SULFATE ION 59 2 1e08D ZN 12 ZINC ION 82 86 89 85 84 83 1e8gA FAD 600 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE 98 99 100 101 102 103 104 105 106 108 110 123 144 148 169 170 171 173 174 175 177 178 179 181 182 184 185 187 260 261 262 263 410 411 413 414 422 424 503 504 545 1e8gA FCR 601 ALPHA,ALPHA,ALPHA-TRIFLUORO-P-CRESOL 108 170 185 187 424 426 457 459 468 470 503 504 1gx7A SF4 1 IRON/SULFUR CLUSTER 30 34 35 36 37 38 39 40 41 42 58 72 75 76 77 80 81 1gx7A SF4 2 IRON/SULFUR CLUSTER 28 30 41 44 45 46 47 49 50 65 66 67 68 69 70 71 72 73 235 1gx7A SF4 3 IRON/SULFUR CLUSTER 46 67 69 178 179 180 181 182 233 234 237 376 377 378 381 382 385 386 1gx7A PDT 4 1,3-PROPANEDITHIOL 107 109 145 178 203 204 232 233 237 296 297 376 382 1gx7A FE2 5 FE (II) ION 106 107 108 109 145 232 233 297 1gx7A FE2 6 FE (II) ION 107 145 204 232 233 237 297 1gx7A CYN 7 CYANIDE ION 145 202 203 204 205 232 237 297 1gx7A CYN 8 CYANIDE ION 107 108 109 110 145 232 233 296 297 1gx7A CMO 9 CARBON MONOXIDE 107 204 232 233 234 237 297 382 1gx7A CMO 10 CARBON MONOXIDE 107 108 109 145 232 293 295 296 297 1gx7A HEC 109 HEME C 36 37 38 54 55 77 1ksmA LA 105 LANTHANUM (III) ION 54 56 57 58 59 60 61 62 64 65 1e8cB MSE 24 SELENOMETHIONINE 8 22 23 25 26 36 38 63 96 97 100 101 162 166 1e8cB MSE 78 SELENOMETHIONINE 51 52 55 76 77 79 80 81 82 83 85 1e8cB MSE 140 SELENOMETHIONINE 123 138 139 141 142 144 145 146 157 163 164 167 168 171 179 180 182 1e8cB MSE 181 SELENOMETHIONINE 110 111 112 113 123 158 164 179 180 182 183 193 196 198 1e8cB MSE 217 SELENOMETHIONINE 206 207 208 209 211 215 216 218 219 220 221 222 1e8cB KCX 224 LYSINE NZ-CARBOXYLIC ACID 114 115 116 119 183 184 185 188 203 205 206 210 220 221 222 223 225 226 227 228 248 1e8cB MSE 260 SELENOMETHIONINE 241 258 259 261 262 275 278 280 305 308 309 312 1e8cB MSE 303 SELENOMETHIONINE 283 284 301 302 304 305 307 344 354 370 374 1e8cB MSE 342 SELENOMETHIONINE 307 340 341 343 344 354 355 356 367 370 371 461 496 497 1e8cB MSE 397 SELENOMETHIONINE 358 359 360 361 364 383 384 385 393 394 395 396 398 399 400 401 402 427 1e8cB MSE 431 SELENOMETHIONINE 383 395 398 399 401 402 408 410 427 428 429 430 432 433 434 437 1e8cB MSE 440 SELENOMETHIONINE 410 411 412 438 439 441 442 443 445 446 449 1e8cB MSE 452 SELENOMETHIONINE 350 447 448 449 450 451 453 454 489 1e8cB UAG 1498 URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-N-ACETYLMURAMOYL- 26 27 28 29 37 40 41 42 43 44 45 46 47 50 156 157 158 159 160 184 186 187 190 192 210 389 1e8cB API 1499 2,6-DIAMINOPIMELIC ACID 157 210 357 359 386 389 413 414 416 464 465 468 1e8eA HEC 125 HEM C 34 35 39 45 47 48 49 50 51 52 53 63 64 65 70 71 73 75 81 82 88 91 92 95 96 99 100 104 109 112 116 1dvh_ HEM 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE 6 7 9 10 13 14 22 23 24 25 26 27 29 32 37 40 41 44 49 51 52 53 54 56 57 60 61 64 72 76 3cysA BMT 201 4-METHYL-4-[(E)-2-BUTENYL]-4,N-METHYL-TH 55 67 101 102 103 104 113 122 125 126 3cysA ABA 202 ALPHA-AMINOBUTYRIC ACID 67 101 102 103 109 110 111 113 3cysA SAR 203 SARCOSINE 73 103 3cysA MLE 204 N-METHYLLEUCINE 103 3cysA MLE 206 N-METHYLLEUCINE 55 3cysA MLE 209 N-METHYLLEUCINE 55 57 60 121 122 3cysA MLE 210 N-METHYLLEUCINE 55 60 121 122 125 3cysA MVA 211 N-METHYLVALINE 55 60 61 99 100 101 102 111 112 113 115 119 121 122 125 126 1e8oA SO4 1003 SULFATE ION 52 1e6tA BRO 11 BROMO GROUP 85 1n5uA HEM 605 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE 114 115 116 117 118 123 134 135 138 139 142 146 149 154 157 158 161 165 186 189 190 193 1n5uA MYR 1002 MYRISTIC ACID 10 14 19 22 23 27 46 66 70 150 152 250 251 254 257 258 283 284 287 1n5uA MYR 1003 MYRISTIC ACID 342 344 345 348 384 387 388 391 403 407 411 430 431 433 434 438 446 449 450 453 485 486 1n5uA MYR 1004 MYRISTIC ACID 387 391 410 411 415 418 422 423 426 430 453 457 460 485 488 489 1n5uA MYR 1005 MYRISTIC ACID 401 405 502 507 509 525 528 529 532 535 547 548 551 552 575 576 579 580 1n5uA MYR 1006 MYRISTIC ACID 209 210 212 213 216 228 232 235 324 327 328 331 347 350 351 354 480 482 1e7lB SO4 1158 SULFATE ION 95 8 12 35 37 38 39 1e7lB SO4 1159 SULFATE ION 106 109 110 149 153 1e7lB SO4 1160 SULFATE ION 105 107 40 41 42 43 44 54 65 69 1e7lB SO4 1161 SULFATE ION 38 41 43 1e7lB SO4 1162 SULFATE ION 119 120 121 122 141 1e7lB SO4 1163 SULFATE ION 115 121 139 140 141 142 1e7lB SO4 1164 SULFATE ION 69 70 73 74 78 1e7lB ZN 1165 ZINC ION 77 23 25 26 27 28 58 61 1qlaE HEM 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE 209 1qlaE FES 3 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER 57 62 64 65 58 59 60 55 77 75 61 56 63 1qlaE F3S 4 FE3-S4 CLUSTER 208 228 210 214 212 211 209 170 161 163 173 213 172 157 160 1qlaE FS4 5 IRON/SULFUR CLUSTER 174 151 218 157 154 156 222 224 220 219 152 153 155 217 111 150 1qlaD FAD 6 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE 11 12 13 14 15 16 17 34 35 36 37 39 42 43 44 46 47 48 49 50 141 179 180 181 215 216 217 218 227 228 231 232 235 236 267 270 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62 63 64 86 87 88 89 182 1je0B PO4 260 PHOSPHATE ION 43 1je0B TRS 275 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL 64 86 89 90 160 179 180 181 182 1je0B TRS 280 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL 5 43 1fzoA CEA 121 S-HYDROXY-CYSTEINE 116 117 118 119 120 122 123 1fzoA NAG 500 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 86 1fzoA NAG 600 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 173 176 177 1fzoA FUC 602 FUCOSE 54 173 174 176 1fzoA MPD 701 2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL 21 23 25 27 32 35 37 48 1fzoA MPD 702 2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL 47 48 49 50 53 1fzoA MPD 703 2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL 188 204 206 242 1fzoA PO4 802 PHOSPHATE ION 21 23 1g7nA PO4 133 PHOSPHATE ION 13 14 15 16 17 18 124 126 1dad_ ADP 225 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE 10 11 12 13 14 15 16 17 54 115 175 176 177 203 204 205 206 207 210 211 1n8rZ MG 8098 MAGNESIUM ION 145 147 1n8rZ MG 8109 MAGNESIUM ION 136 134 137 138 139 133 140 1n8rZ NA 8335 VIRGINIAMYCIN M1 150 1n8rZ CL 8517 CHLORIDE ION 122 115 1n8rZ CL 8520 CHLORIDE ION 169 1jwgA IOD 1 IODIDE ION 61 64 110 1jwgA IOD 2 IODIDE ION 57 58 59 62 1jwgA IOD 3 IODIDE ION 38 78 79 80 1jwgA IOD 6 IODIDE ION 77 1oacA TPQ 466 2,4,5-TRIHYDROXYPHENYLALANINE 367 369 461 462 463 464 465 467 468 487 488 489 490 524 526 689 699 440 1oacA CU 801 COPPER (II) ION 490 524 526 689 1oacA CA 802 CALCIUM ION 133 533 534 535 539 541 678 679 680 1oacA CA 803 CALCIUM ION 573 642 644 647 667 668 670 672 1i60A MSE 1 SELENOMETHIONINE 2 3 239 240 241 242 243 272 276 277 1i60A MSE 36 SELENOMETHIONINE 34 35 37 38 40 66 67 69 1i60A MSE 89 SELENOMETHIONINE 35 65 66 67 68 85 86 87 88 91 92 93 94 101 1i60A MSE 90 SELENOMETHIONINE 86 87 88 91 92 93 94 101 131 132 135 137 1i60A MSE 181 SELENOMETHIONINE 145 146 147 152 153 177 178 179 180 182 183 209 210 212 1i60A MSE 278 SELENOMETHIONINE 2 3 243 268 269 272 273 276 277 1n32H MG 213 MAGNESIUM ION 91 1fsgC MO2 301 MAGNESIUM ION, 2 WATERS COORDINATED 77 78 79 80 81 114 115 116 146 147 154 1fsgC MO3 302 MAGNESIUM ION, 3 WATERS COORDINATED 116 118 120 147 199 205 206 207 208 209 212 1fsgC PRP 303 ALPHA-PHOSPHORIBOSYLPYROPHOSPHORIC ACID 77 78 79 80 114 115 116 117 118 146 147 148 149 150 151 152 153 154 206 209 212 1fsgC 9DG 304 9-DEAZAGUANINE 118 148 150 178 198 199 200 201 205 206 207 1qc5A MG 601 MAGNESIUM ION 40 42 43 44 45 110 143 144 174 1ljnA CBS 130 DI(N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE) 35 46 48 50 52 56 57 58 59 61 62 63 98 107 108 109 110 1ljnA SO4 132 SULFATE ION 119 121 125 1ljnA SO4 133 SULFATE ION 43 45 68 1k90B 3AT 556 3'-DEOXYADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE 353 354 346 372 332 490 352 364 329 493 491 577 350 348 351 588 583 586 580 578 579 547 582 548 1k90B YB 902 YTTERBIUM (III) ION 491 577 346 493 1mwvB NA 1000 SODIUM ION 117 122 123 124 125 198 427 494 495 1mwvB HEM 1500 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE 98 104 105 107 108 111 238 239 240 241 257 261 274 275 277 278 279 281 282 283 284 285 323 324 325 326 330 386 388 416 420 1mwvB PEO 1501 HYDROGEN PEROXIDE 111 141 237 238 239 261 1fvzA PC2 501 DI-STEAROYL-3-SN-PHOSPHATIDYLCHOLINE 22 23 26 29 30 33 40 59 61 63 65 68 69 70 73 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1b4uC DHB 504 3,4-DIHYDROXYBENZOIC ACID 103 90 104 1m2rA MNY 351 5,8-DI-AMINO-1,4-DIHYDROXY-ANTHRAQUINONE 45 46 47 53 66 68 95 113 114 115 116 117 118 163 174 175 1m5qY MSE 66 SELENOMETHIONINE 65 64 67 46 68 69 70 72 71 12 70 73 45 1m5qY MSE 82 SELENOMETHIONINE 104 81 80 84 83 85 99 86 106 116 115 114 133 105 1m5qY MSE 96 SELENOMETHIONINE 103 102 104 95 90 97 94 93 109 98 107 108 125 1m5qY CD 2024 CADMIUM ION 15 1m5qY CD 2025 CADMIUM ION 39 62 1m5qY ACY 5008 ACETIC ACID 103 105 113 107 100 1byqA MG 1001 MAGNESIUM ION 47 51 54 137 138 1byqA ADP 2001 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE 47 51 52 54 55 93 96 97 98 106 107 132 135 136 137 138 139 184 1ok4I 13P 1254 1,3-DIHYDROXYACETONEPHOSPHATE 22 24 25 144 146 177 202 203 204 205 229 230 231 232 233 1n2uB MN 201 MANGANESE (II) ION 6 25 32 69 114 116 1n2uB BHI 302 4-BROMO-3-HYDROXY-3-METHYL BUTYL DIPHOSP 4 21 34 35 36 51 55 58 67 68 69 83 87 102 104 114 116 118 135 161 165 1n2uB MG 401 MAGNESIUM ION 51 55 67 68 83 87 135 1de4I CRY 309 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1m3kB SUL 9719 SULFATE ANION 298 301 302 1m3kB SUL 9721 SULFATE ANION 260 262 263 266 1m3kB SUL 9722 SULFATE ANION 106 1nvmB NAD 3501 NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 10 11 12 13 14 15 16 36 37 38 39 42 59 60 78 79 80 81 83 87 103 104 105 131 132 159 163 164 165 166 167 168 171 290 291 294 1nvmB MPD 3528 2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL 61 89 90 93 94 1ii5A GLU 999 GLUTAMIC ACID 12 13 54 72 73 74 79 124 125 126 161 162 188 190 1k7iA CA 480 CALCIUM ION 265 266 267 268 269 271 297 299 300 302 1k7iA CA 481 CALCIUM ION 297 299 300 301 302 339 340 341 1k7iA CA 482 CALCIUM ION 345 346 347 348 349 350 363 364 365 366 368 1k7iA CA 483 CALCIUM ION 354 355 356 357 358 359 372 373 374 375 377 1k7iA CA 484 CALCIUM ION 363 364 365 366 367 368 381 382 383 384 386 1k7iA CA 485 CALCIUM ION 381 382 383 384 385 386 408 411 412 1k7iA ZN 486 ZINC ION 188 189 192 198 226 228 1k7iA CA 487 CALCIUM ION 372 373 374 375 376 377 395 396 402 1ireB CSD 111 3-SULFINOALANINE 52 63 157 1ireB CEA 113 S-HYDROXY-CYSTEINE 52 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146 506 507 508 509 516 518 520 526 527 528 531 595 597 1mjgO CU1 901 COPPER (I) ION 146 149 509 527 595 596 597 1mjgO NI 902 NICKEL (II) ION 229 509 527 594 595 596 597 598 1mjgO ACT 950 ACETATE ION 145 146 149 229 509 512 513 595 596 597 1fzcC CA 1 CALCIUM ION 320 322 324 325 323 318 1nvoB ACE 0 ACETYL GROUP 1 2 3 4 5 1nvoB NH2 49 AMINO GROUP 42 47 48 1df7A NDP 500 NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUC 5 6 7 8 14 15 16 18 19 20 22 43 44 45 46 49 65 66 67 68 79 80 81 94 95 96 97 98 99 100 102 126 1df7A MTX 501 METHOTREXATE 5 6 7 20 25 27 28 29 30 31 32 35 36 46 49 50 51 54 57 58 60 94 95 100 113 1df7A GOL 502 GLYCEROL 7 20 22 23 24 25 27 28 1df7A GOL 503 GLYCEROL 45 97 98 124 125 126 127 1df7A GOL 504 GLYCEROL 30 33 143 153 1df7A GOL 505 GLYCEROL 8 9 10 112 114 154 156 1df7A SO4 506 SULFATE ION 44 45 1bjnB LLP 198 LYSINE-PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE 239 240 9 10 12 13 74 75 76 77 78 80 102 149 151 153 174 176 177 195 196 197 199 200 201 339 1l1dA MSE 464 SELENOMETHIONINE 459 460 461 462 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SULFATE ION 69 85 86 87 88 1b5eA DCM 300 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE 28 64 96 146 148 167 168 169 170 171 175 176 179 216 218 1b5eA DCM 400 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE 123 124 1h72C HSE 1300 L-HOMOSERINE 16 17 22 23 138 140 141 183 187 235 260 261 1h72C ANP 1301 PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ES 34 54 55 56 61 62 63 64 85 87 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 101 130 133 134 138 141 181 182 183 259 260 261 262 1h72C TRS 1302 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL 31 32 33 88 1cr2A DTP 600 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE 312 313 314 315 316 317 318 319 320 361 363 364 425 465 504 512 514 535 542 1cr2A SO4 601 SULFATE ION 404 408 1cr2A SO4 602 SULFATE ION 352 361 362 363 364 535 540 1ce8C ADP 5020 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE 175 176 174 243 173 129 299 285 177 301 169 298 376 167 215 244 242 240 241 239 208 210 207 209 144 211 1ce8C MN 5021 MANGANESE (II) ION 174 173 129 303 301 127 285 299 1ce8C MN 5022 MANGANESE (II) ION 243 244 301 285 299 1ce8C K 5023 POTASSIUM ION 242 244 243 241 215 247 238 239 236 240 1ce8C K 5024 POTASSIUM ION 129 301 127 300 302 126 299 1ce8C K 5025 POTASSIUM ION 306 244 307 217 283 301 285 299 1ce8C PI 5026 HYDROGENPHOSPHATE ION 306 174 175 243 303 301 285 299 305 283 244 176 1ce8C ADP 5027 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE 841 788 829 840 715 786 909 725 761 789 787 785 784 713 755 690 754 756 753 1ce8C MN 5028 MANGANESE (II) ION 841 843 829 789 788 1ce8C K 5029 POTASSIUM ION 841 843 673 845 1ce8C K 5030 POTASSIUM ION 761 784 785 783 781 786 789 787 792 788 1ce8C ORN 5031 ORNITHINE 1041 1042 1039 1040 907 783 892 791 893 895 793 792 1043 905 1ce8C IMP 5032 INOSINIC ACID 954 976 977 949 948 974 975 993 978 950 1016 1017 1015 1026 1029 1030 1001 1028 1025 995 994 1ce8C NET 5033 TETRAETHYLAMMONIUM ION 94 97 22 93 19 936 1ce8C ORN 5034 ORNITHINE 538 539 537 528 554 553 552 1ce8C K 5035 POTASSIUM ION 84 112 113 114 1ce8C CL 5036 CHLORIDE ION 177 93 174 173 172 1ce8C CL 5037 CHLORIDE ION 213 294 289 292 1ce8C CL 5038 CHLORIDE ION 370 903 902 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99 100 1nhhA EDO 500 1,2-ETHANEDIOL 32 35 92 177 178 181 257 260 261 262 1nhhA EDO 501 1,2-ETHANEDIOL 229 230 231 1nhhA EDO 502 1,2-ETHANEDIOL 38 39 40 59 60 1nhhA EDO 503 1,2-ETHANEDIOL 234 294 298 314 317 318 1nhhA EDO 504 1,2-ETHANEDIOL 73 129 130 131 132 1jj2N CD 8405 CADMIUM ION 37 40 1jj2N CL 8508 CHLORIDE ION 42 43 44 47 1cvl_ CA 320 CALCIUM ION 241 243 244 284 286 287 291 292 295 296 1knqA CL 200 CHLORIDE ION 16 17 18 19 20 21 22 1knqA CL 417 CHLORIDE ION 121 127 128 129 130 133 1ds1A AKG 330 2-OXYGLUTARIC ACID 123 134 141 144 146 157 159 172 264 279 280 281 293 295 297 1ds1A PGO 331 1,2-PROPANEDIOL 14 17 18 22 71 91 92 93 96 1ds1A PGO 332 1,2-PROPANEDIOL 54 55 105 156 302 303 304 1ds1A SO4 335 SULFATE ION 20 21 22 23 1ds1A SO4 336 SULFATE ION 2 57 58 59 60 1ds1A SO4 339 SULFATE ION 151 322 323 324 1ds1A SO4 340 SULFATE ION 114 115 132 133 134 297 299 1ds1A FE2 341 FE (II) ION 144 146 279 297 1nqtC ADP 3 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE 85 86 112 115 116 119 120 121 122 382 459 488 489 492 1nqtC ADP 5 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE 203 204 207 209 387 393 396 445 1p7bB K 401 POTASSIUM ION 112 113 114 1p7bB K 402 POTASSIUM ION 110 111 112 1p7bB K 403 POTASSIUM ION 111 112 113 1p7bB K 404 POTASSIUM ION 114 1ousB SO4 606 SULFATE ION 43 44 45 46 1tpp_ APA 1 AMIDO PHENYL PYRUVIC ACID 41 42 57 189 190 191 192 193 194 195 213 214 215 216 217 219 220 221 226 227 228 1tpp_ SO4 2 SULFATE ION 146 147 148 149 1tpp_ CA 480 CALCIUM ION 70 71 72 73 74 75 76 77 80 1klyA UP6 2001 6-AZA URIDINE 5'-MONOPHOSPHATE 18 20 42 72 96 123 125 126 127 128 155 180 181 182 184 185 200 201 202 203 204 206 1khtC AMP 3193 ADENOSINE MONOPHOSPHATE 12 38 39 40 43 56 57 59 60 67 71 90 91 92 95 102 103 104 105 138 1ibkL MG 201 MAGNESIUM ION 15 1ibkL MG 216 MAGNESIUM ION 113 116 1ibkL MG 220 MAGNESIUM ION 49 48 1ibkL MG 464 MAGNESIUM ION 43 41 94 67 57 1li1A ACT 2001 ACETATE ION 185 186 187 184 1li1A ACT 2002 ACETATE ION 72 64 66 70 76 1li1A ACT 2003 ACETATE ION 67 1li1A ACT 2004 ACETATE ION 189 1li1A ACT 2009 ACETATE ION 102 31 99 1esfA CD 240 CADMIUM ION 227 128 1 225 187 1jg5B K 1503 POTASSIUM ION 10 9 11 8 13 14 7 15 1bd3D PO4 799 PHOSPHATE ION 158 104 103 105 1bd3D PO4 899 PHOSPHATE ION 59 1cs8A OCS 25 CYSTEINESULFONIC ACID 19 22 23 24 26 27 28 29 30 75 76 77 78 162 163 164 188 189 1jgcC HEM 202 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE 52 22 26 49 53 19 55 59 56 71 23 45 1m48B FRG 302 2-[3-METHYL-4-(N-METHYL-GUANIDINO)-BUTYR 31 35 38 39 41 42 43 44 45 62 65 69 72 73 76 1ooeA MES 2001 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID 204 207 208 213 214 215 216 233 1jlvE GSH 705 GLUTHATHIONE 64 66 101 65 11 53 52 51 33 50 38 9 105 49 39 1ki0A BCN 335 BICINE 198 200 221 225 227 234 235 1ki0A BCN 336 BICINE 117 118 137 139 144 146 153 154 156 1ki0A BCN 337 BICINE 287 288 289 290 309 311 315 317 324 325 1dgtB AMP 2700 ADENOSINE MONOPHOSPHATE 2083 2084 2085 2087 2114 2115 2116 2117 2118 2120 2169 2196 2221 2253 2283 2286 2288 2312 1dgtB ZN 2701 ZINC ION 2329 2406 2408 2409 2422 2424 2427 1gtzE TRS 1152 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL 86 59 87 83 1gtzE DHK 1162 3-DEHYDROSHIKIMATE 110 106 81 108 28 107 79 113 82 17 117 15 85 105 92 88 1tca_ NAG 401 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 11 69 70 74 75 78 82 298 1tca_ NAG 402 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 10 11 1fd8A CU1 74 COPPER (I) ION 12 13 14 15 17 18 19 65 1nekB FES 302 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER 36 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 73 75 1nekB FS4 303 IRON/SULFUR CLUSTER 110 148 149 150 151 152 153 154 155 173 176 216 217 218 220 222 1nekB F3S 304 FE3-S4 CLUSTER 158 159 161 169 172 205 206 207 208 209 210 211 212 223 226 1nekB HEM 305 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE 207 1nekB UQ2 306 UBIQUINONE-2 160 161 163 164 207 209 1nekB CA 311 CALCIUM ION 182 184 187 188 190 1nekB FAD 601 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE 57 1anv_ ZN 530 ZINC ION 284 285 286 288 339 340 354 355 1anv_ ZN 531 ZINC ION 396 397 398 450 451 466 467 1anv_ IUM 532 URANYL(VI) ION 466 467 468 1anv_ IUM 533 URANYL(VI) ION 296 297 298 330 1anv_ IUM 534 URANYL(VI) ION 428 429 430 1anv_ IUM 535 URANYL(VI) ION 225 1n45B SO4 1 SULFATE ION 160 162 1n45B HEM 300 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE 14 18 25 28 29 34 38 134 135 136 138 139 142 183 207 210 214 1m2kA ZN 999 ZINC ION 124 126 127 129 145 147 148 150 1m2kA APR 1001 ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE 20 21 22 23 25 26 31 32 33 39 98 99 116 185 186 187 188 190 210 211 212 213 215 227 228 229 230 1j6nB PO4 403 PHOSPHATE ION 34 35 138 142 164 165 166 167 168 169 170 171 211 1j6nB PO4 404 PHOSPHATE ION 35 59 60 61 62 63 64 65 132 167 211 1l7vB MSE 1 SELENOMETHIONINE 2 3 5 6 9 1l7vB MSE 23 SELENOMETHIONINE 19 20 21 22 24 25 26 27 28 64 281 284 285 288 1l7vB MSE 49 SELENOMETHIONINE 219 222 223 1l7vB MSE 77 SELENOMETHIONINE 72 73 74 75 76 78 79 80 81 82 83 86 87 88 91 93 239 243 1l7vB MSE 160 SELENOMETHIONINE 95 98 99 102 156 157 158 159 161 162 163 164 1l7vB MSE 176 SELENOMETHIONINE 171 172 173 174 175 177 178 181 304 1l7vB MSE 179 SELENOMETHIONINE 157 161 175 177 178 181 252 1l7vB MSE 180 SELENOMETHIONINE 175 177 178 181 182 252 304 305 306 307 1l7vB MSE 194 SELENOMETHIONINE 58 59 61 62 65 186 187 188 190 191 192 193 195 196 197 198 249 1l7vB MSE 211 SELENOMETHIONINE 75 76 79 80 207 208 209 210 212 214 215 235 272 276 1l7vB MSE 213 SELENOMETHIONINE 209 210 212 214 215 216 217 221 224 226 1l7vB MSE 242 SELENOMETHIONINE 68 69 72 73 197 200 201 204 237 238 239 240 241 243 244 245 246 247 1f1jA ACE 701 ACETYL GROUP 233 234 235 276 1f1jA SO4 1201 SULFATE ION 76 87 88 89 90 91 92 235 1mivA MSE 1 SELENOMETHIONINE 2 3 5 6 9 24 121 122 123 124 1mivA MSE 53 SELENOMETHIONINE 49 50 51 52 54 55 56 57 59 61 64 69 1mivA MSE 115 SELENOMETHIONINE 30 113 114 116 117 118 132 135 136 140 141 164 168 170 1mivA MSE 120 SELENOMETHIONINE 5 23 24 25 29 32 118 119 121 122 124 125 126 127 1mivA MSE 158 SELENOMETHIONINE 151 154 155 156 157 160 161 162 179 180 183 184 186 187 220 1mivA MSE 159 SELENOMETHIONINE 155 156 157 160 161 162 163 187 194 196 198 215 220 224 271 1mivA MSE 195 SELENOMETHIONINE 156 187 190 191 192 193 194 196 198 200 223 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(III) ION 114 144 147 209 239 243 246 1lfi_ CU 693 COPPER (II) ION 60 61 92 121 122 192 210 253 1lfi_ CU 694 COPPER (II) ION 395 435 465 466 467 528 597 1lfi_ CO3 695 CARBONATE ION 60 92 117 121 122 123 124 192 253 1lfi_ CO3 696 CARBONATE ION 395 435 461 465 466 467 468 528 597 1lfi_ NAG 990 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 110 135 136 137 151 152 1lfi_ FUC 991 FUCOSE 137 1lfi_ NAG 992 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 110 1lfi_ NAG 995 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 475 478 1lfi_ FUC 996 FUCOSE 478 479 1m68A ZN 301 ZINC ION 9 15 40 194 1m68A ZN 302 ZINC ION 7 9 40 73 101 131 192 194 1m68A ZN 303 ZINC ION 7 40 73 101 130 131 192 1m68A SO4 304 SULFATE ION 15 1m68A SO4 305 SULFATE ION 2 206 209 210 213 214 215 216 219 1fnyA CA 500 CALCIUM ION 87 105 127 129 130 131 134 135 1o8eA CA 1353 CALCIUM ION 129 131 134 166 167 170 1i50A ZN 3006 ZINC ION 112 148 110 167 107 109 1i50A ZN 3008 ZINC ION 77 78 70 80 67 71 1i50A MN 3009 MANGANESE (II) ION 481 483 485 1jt6B SO4 199 SULFATE ION 90 64 91 67 1jt6B DEQ 201 DEQUALINIUM 162 97 100 161 1jt6B SO4 219 SULFATE ION 128 132 1jt6B SO4 499 SULFATE ION 67 1jt6B SO4 600 SULFATE ION 12 8 57 56 60 53 9 1jt6B SO4 700 SULFATE ION 2 6 5 1jt6B SO4 1000 SULFATE ION 24 25 46 23 1g8fA CD 512 CADMIUM ION 168 173 235 236 1g8fA CD 513 CADMIUM ION 39 40 42 43 226 227 1g8fA CD 514 CADMIUM ION 18 19 20 21 22 1g8fA CD 515 CADMIUM ION 174 182 186 255 1g8fA CD 516 CADMIUM ION 189 190 1g8fA CA 517 CADMIUM ION 125 146 151 1g8fA NA 518 CADMIUM ION 107 108 1g8fA CA 519 CADMIUM ION 297 303 307 1g8fA CA 520 CADMIUM ION 489 1g8fA MG 521 MAGNESIUM ION 46 163 164 165 166 1g8fA NA 522 CADMIUM ION 134 306 309 1g8fA SO4 523 SULFATE ION 195 196 197 198 263 265 291 292 293 294 1g8fA TRS 524 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL 2 3 180 189 190 282 283 284 1g8fA SO4 525 SULFATE ION 165 166 167 168 173 235 236 1g8fA ACY 526 ACETIC ACID 17 18 19 20 21 22 1g8fA ACY 527 ACETIC ACID 187 189 1g8fA ACY 528 ACETIC ACID 486 490 491 494 498 1g8fA ACY 529 ACETIC ACID 174 178 181 182 1g8fA ACY 530 ACETIC ACID 130 134 135 136 1g8fA ACY 531 ACETIC ACID 55 56 57 58 60 64 74 1g8fA ACY 532 ACETIC ACID 71 1g8fA ACY 533 ACETIC ACID 182 186 255 1g8fA ACY 534 ACETIC ACID 189 190 1g8fA ACY 535 ACETIC ACID 168 235 236 1g8fA ACY 536 ACETIC ACID 297 301 302 303 1qreA OCN 214 COBALT ION, 2 WATERS COORDINATED 62 81 82 83 122 1qreA BCT 215 BICARBONATE ION 59 62 81 122 1apyC NAG 521 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 15 44 1apyC NAG 532 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 2 1hkxF CL 1475 CHLORIDE ION 361 433 453 469 381 369 467 1p9oA SO4 401 SULFATE ION 60 1iweA IMP 451 INOSINIC ACID 177 1iweA IMP 453 INOSINIC ACID 41 42 43 68 69 70 145 160 161 162 163 164 165 167 168 256 260 270 271 272 304 305 306 307 335 1iweA ACT 454 ACETATE ION 43 44 45 46 47 70 71 1iweA ACT 455 ACETATE ION 43 68 163 305 330 331 332 333 334 335 1i0bB CBX 369 CARBOXY GROUP 55 57 101 106 131 169 201 230 301 1i0bB MN 401 MANGANESE (II) ION 55 57 101 169 230 301 1i0bB MN 402 MANGANESE (II) ION 55 131 169 201 230 254 301 1i0bB NA 406 MANGANESE (II) ION 38 154 155 164 165 1i0bB EGL 407 ETHYLENE GLYCOL 57 60 106 131 169 301 303 306 308 1i0bB EGL 409 ETHYLENE GLYCOL 147 148 151 189 193 1i0bB EGL 414 ETHYLENE GLYCOL 76 77 80 115 1i0bB EGL 415 ETHYLENE GLYCOL 256 257 258 277 320 321 322 327 331 1i0bB EGL 416 ETHYLENE GLYCOL 105 133 134 135 139 1i0bB EGL 418 ETHYLENE GLYCOL 47 48 49 50 96 123 1i0bB EGL 421 ETHYLENE GLYCOL 70 71 74 75 76 77 1i0bB EGL 422 ETHYLENE GLYCOL 265 267 268 310 311 312 313 316 1i0bB EGL 423 ETHYLENE GLYCOL 334 338 1i0bB EGL 425 ETHYLENE GLYCOL 46 351 352 355 1i0bB EGL 426 ETHYLENE GLYCOL 64 65 67 68 1i0bB EGL 428 ETHYLENE GLYCOL 285 289 339 340 341 1i0bB EGL 429 ETHYLENE GLYCOL 73 74 75 78 1i0bB EGL 431 ETHYLENE GLYCOL 118 1i0bB PEL 433 2-PHENYL-ETHANOL 293 294 344 345 348 349 352 353 356 1a9xD CYG 3769 GLUTAMYLCYSTEINE 3851 3850 3852 3768 3772 3771 3767 3770 3773 3740 3853 3812 3811 3743 3814 3744 3741 3742 3813 3547 3786 3815 1a9xD CL 3933 CHLORIDE ION 3614 3516 3515 3613 1a9xD K 3941 POTASSIUM ION 3516 3612 3613 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S-MERCAPTOCYSTEINE 52 251 256 1h32B EDO 1138 1,2-ETHANEDIOL 41 44 45 1h32B HEC 1139 HEME C 34 40 41 42 44 45 46 60 61 62 63 64 67 70 71 76 79 80 87 90 91 92 93 95 121 129 133 1aw8E PVL 25 PYRUVOYL GROUP 73 72 57 26 58 60 71 70 27 75 1qczA MSE 14 SELENOMETHIONINE 12 13 15 16 19 20 39 40 41 42 43 69 76 1qczA MSE 23 SELENOMETHIONINE 12 13 19 20 21 22 24 25 26 27 67 68 69 91 93 126 1qczA MSE 79 SELENOMETHIONINE 51 52 75 76 77 78 80 81 82 83 1qczA MSE 110 SELENOMETHIONINE 78 106 107 108 109 111 112 114 115 116 1fjgT MG 114 MAGNESIUM ION 70 1fjgT MG 229 MAGNESIUM ION 14 1fjgT MG 235 MAGNESIUM ION 15 1fjgT MG 237 MAGNESIUM ION 15 1fjgT MG 238 MAGNESIUM ION 15 1hwxF GLU 4 GLUTAMIC ACID 167 92 126 168 111 91 114 349 378 211 377 166 381 199 90 374 1hwxF GTP 11 GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE 265 262 261 217 450 213 209 446 210 212 258 289 292 257 1hwxF NAI 13 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEO 86 119 491 488 459 120 121 115 116 85 489 122 112 492 87 84 463 1hwxF NAI 16 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEO 393 445 387 203 204 396 392 391 206 388 389 390 195 205 1hwxF NAI 21 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEO 254 253 170 169 168 325 252 251 275 326 295 276 327 250 330 274 255 347 348 349 94 126 374 215 211 167 377 114 1ksfX MET 1 METHIONINE 24 26 65 67 81 83 1ksfX PGE 2 TRIETHYLENE GLYCOL 90 91 94 95 98 106 107 108 110 111 135 138 139 1ksfX PGE 3 TRIETHYLENE GLYCOL 387 388 390 434 435 484 485 1ksfX ADP 780 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE 186 187 188 189 191 215 216 217 218 219 220 221 222 285 357 361 395 396 399 1ksfX ADP 781 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE 459 460 461 463 496 497 498 499 500 501 502 503 653 657 661 664 665 701 702 1ksfX MG 782 MAGNESIUM ION 501 502 604 605 1ksfX MG 783 MAGNESIUM ION 520 522 565 1ksfX IOH 791 2-PROPANOL, ISOPROPANOL 571 574 575 578 637 639 640 1ksfX IOH 792 2-PROPANOL, ISOPROPANOL 86 89 90 93 1ksfX IOH 794 2-PROPANOL, ISOPROPANOL 97 98 1ksfX IOH 795 2-PROPANOL, ISOPROPANOL 3 100 101 102 104 1ksfX IOH 796 2-PROPANOL, ISOPROPANOL 348 349 350 351 386 394 1tc1A MES 800 N-(ETHYLSULFIDE)MORPHOLINE 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 1tc1A FMB 900 FORMYCIN B 113 115 143 163 164 165 166 170 171 1f6aD CPS 101 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1 424 1f6aD CPS 102 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1 331 332 333 1f6aD CPS 103 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1 333 334 335 336 364 365 422 424 425 1f6aD CPS 105 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1 365 367 424 1f6aD SO4 204 SULFATE ION 493 494 496 1f6aD SO4 205 SULFATE ION 428 429 430 431 1f6aD MAN 246 ALPHA-D-MANNOSE 427 1f6aD NAG 694 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 334 361 362 392 394 396 1f6aD NAG 695 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 339 359 361 392 398 1f6aD MAN 696 ALPHA-D-MANNOSE 339 359 1gqiB EDO 1713 1,2-ETHANEDIOL 101 126 129 130 133 198 199 200 201 468 471 1gqiB EDO 1714 1,2-ETHANEDIOL 51 188 191 192 195 1gqiB EDO 1715 1,2-ETHANEDIOL 559 561 563 582 593 594 595 596 1gqiB EDO 1716 1,2-ETHANEDIOL 8 9 10 12 192 195 196 453 1gqiB EDO 1717 1,2-ETHANEDIOL 398 455 456 457 644 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CADMIUM ION 397 401 1ihuA CD 604 CADMIUM ION 386 388 1ihuA AF3 700 ALUMINUM FLUORIDE 335 336 337 340 341 1ihuA TAS 701 TRIHYDROXYARSENITE(III) 18 206 277 281 500 543 1ke6A LS2 201 N-METHYL-{4-[2-(7-OXO-6,7-DIHYDRO-8H-[1, 10 18 31 33 64 80 81 82 83 84 85 86 89 131 132 134 144 145 1isiA NAG 301 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 79 80 81 83 160 162 163 164 197 1isiA NAG 302 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 197 201 1isiA NCA 1002 NICOTINAMIDE 76 77 78 173 174 178 1isiA ENA 2001 ETHENO-NAD 5 77 79 81 97 98 106 107 108 109 140 144 173 178 1dgwX PO4 500 PHOSPHATE ION 265 284 294 297 299 304 306 1ia9A DTT 2000 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE 1574 1575 1576 1577 1578 1579 1608 1ia9A ZN 2001 ZINC ION 1751 1808 1809 1810 1811 1814 1819 1ia9A ANP 2002 PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ES 1617 1618 1619 1620 1621 1622 1623 1624 1644 1646 1701 1718 1719 1720 1721 1725 1727 1765 1767 1774 1775 1gu9H MSE 78 SELENOMETHIONINE 75 79 74 77 76 73 81 124 82 128 83 121 125 137 133 107 1gu9H MSE 80 SELENOMETHIONINE 163 159 162 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1161 1162 1k7yA SO4 282 SULFATE ION 959 1127 1k7yA SO4 309 SULFATE ION 929 930 1015 1016 1k7yA SO4 323 SULFATE ION 1139 1k7yA B12 1248 COBALAMIN 749 751 758 759 760 761 762 763 765 766 802 803 804 805 806 807 808 831 832 833 834 835 836 837 857 858 859 860 863 949 953 955 1093 1094 1096 1097 1136 1137 1138 1139 1140 1145 1148 1170 1171 1172 1173 1174 1175 1176 1177 1178 1m6pA MN 199 MANGANESE (II) ION 101 102 103 111 1m6pA M6P 200 ALPHA-D-MANNOSE-6-PHOSPHATE 45 47 66 68 73 75 101 102 103 104 105 111 133 135 143 1o97C AMP 1262 ADENOSINE MONOPHOSPHATE 6 7 8 36 38 39 62 63 64 97 100 104 117 118 119 120 121 122 126 127 128 129 130 131 1o97C FAD 1319 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE 37 38 120 121 145 163 183 184 1ccwB CNC 800 CO-CYANOCOBALAMIN 330 333 332 331 335 334 329 123 100 94 95 66 181 97 219 220 294 216 180 410 408 295 221 222 296 326 297 470 471 1ccwB TAR 900 TARTARIC ACID 100 150 151 181 94 149 66 171 177 216 294 291 1g63D FMN 503 FLAVIN MONONUCLEOTIDE 115 12 83 11 120 84 116 82 85 117 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29 30 66 67 1nvmE SUL 3518 SULFATE ANION 257 258 261 1nvmE SUL 3521 SULFATE ANION 287 310 314 1nvmE SUL 3522 SULFATE ANION 8 43 45 82 1nvmE MPD 3526 2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL 245 248 249 1nvmE MPD 3527 2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL 144 174 175 176 179 205 1kx5G CL 3145 CHLORIDE ION 47 46 44 45 1ivwA TPQ 382 2,4,5-TRIHYDROXYPHENYLALANINE 282 284 377 378 379 380 381 383 384 403 404 405 406 407 431 433 592 602 355 1ivwA CU 1001 COPPER (II) ION 431 433 592 602 1jv1A UD1 901 URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGLUCOSAMINE 108 109 110 111 165 196 220 221 222 223 251 252 253 288 289 290 301 303 304 327 328 329 379 381 382 383 403 405 407 1jv1A UD1 902 URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGLUCOSAMINE 455 1bs0A SO4 400 SULFATE ION 107 108 109 135 233 236 242 1bs0A SO4 401 SULFATE ION 130 147 148 149 1bs0A SO4 403 SULFATE ION 21 22 23 1bupA CL 451 CHLORIDE ION 311 345 348 349 352 1bupA ADP 486 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE 12 13 14 15 37 200 201 202 203 230 231 234 268 271 272 275 338 339 340 342 343 366 1bupA MG 487 MAGNESIUM ION 10 175 199 201 1bupA PI 488 HYDROGENPHOSPHATE ION 10 11 12 13 71 147 149 175 199 204 206 1bupA K 490 POTASSIUM ION 10 12 15 16 366 1bupA K 491 POTASSIUM ION 199 200 201 204 205 206 1bupA CL 828 CHLORIDE ION 31 32 33 126 130 1gv2A NA 1191 SODIUM ION 135 136 170 171 173 174 175 176 177 1gv2A NA 1192 SODIUM ION 119 120 121 122 123 124 125 126 1kbiA MPD 701 2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL 255 259 262 263 266 334 337 338 341 1kbiA MPD 702 2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL 353 355 359 1kbiA MPD 703 2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL 182 185 186 187 1kbiA MPD 704 2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL 354 355 358 390 394 398 1kbiA HEM 760 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE 27 29 36 39 43 44 45 49 50 53 58 61 62 65 66 70 71 74 75 97 139 143 198 199 230 289 292 296 325 1kbiA FMN 770 FLAVIN MONONUCLEOTIDE 143 144 154 195 196 197 198 228 230 252 254 280 349 371 373 374 376 409 410 411 412 413 430 431 432 433 434 436 1kbiA PO4 900 PHOSPHATE ION 485 487 1b16B NAQ 500 NICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE 3-PENT 11 12 13 14 15 16 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224 225 1n1bB HG 914 MERCURY (II) ION 188 191 194 221 222 225 1n1bB HG 915 MERCURY (II) ION 139 143 144 145 171 174 175 1od4A MSE 1503 SELENOMETHIONINE 1498 1499 1500 1501 1502 1504 1505 1589 1730 1731 1752 1od4A MSE 1564 SELENOMETHIONINE 1562 1563 1565 1566 1585 1586 1587 1588 1596 1600 1603 1604 1620 1od4A MSE 1631 SELENOMETHIONINE 1629 1630 1632 1633 1634 1700 1od4A MSE 1663 SELENOMETHIONINE 1658 1659 1660 1661 1662 1664 1665 1666 1667 1672 1675 1677 1688 1od4A MSE 1765 SELENOMETHIONINE 1761 1762 1763 1764 1766 1767 1od4A MSE 1783 SELENOMETHIONINE 1748 1754 1777 1778 1779 1780 1781 1782 1784 1785 1786 1787 1788 1789 1od4A MSE 1807 SELENOMETHIONINE 1580 1581 1582 1617 1619 1723 1802 1803 1804 1805 1806 1808 1809 1810 1od4A MSE 1816 SELENOMETHIONINE 1576 1811 1812 1813 1814 1815 1817 1818 1944 1od4A MSE 1846 SELENOMETHIONINE 1833 1835 1841 1842 1843 1844 1845 1847 1848 1849 1859 1860 1861 1950 1990 2115 1od4A MSE 1947 SELENOMETHIONINE 1889 1890 1892 1932 1935 1936 1939 1945 1946 1949 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PI 2340 HYDROGENPHOSPHATE ION 1068 1074 1097 1118 1120 1121 1122 1123 1280 1nv2A MG 2341 MAGNESIUM ION 1097 1118 1120 1121 1122 1280 1nv2A TL 2342 THALLIUM (I) ION 1097 1118 1120 1121 1122 1280 1nv2A MG 2343 MAGNESIUM ION 1074 1097 1098 1118 1119 1120 1121 1123 1nv2A TL 2344 THALLIUM (I) ION 1074 1097 1098 1118 1119 1120 1121 1123 1nv2A TL 2345 THALLIUM (I) ION 1064 1068 1074 1097 1098 1123 1nv2A TL 2346 THALLIUM (I) ION 1071 1074 1120 1121 1122 1123 1126 1nv2A TL 2347 THALLIUM (I) ION 1068 1097 1276 1280 1nv2A TL 2348 THALLIUM (I) ION 1068 1097 1121 1274 1275 1276 1280 1313 1oz3A MSE 242 SELENOMETHIONINE 237 238 239 240 241 243 244 258 259 260 326 327 328 329 332 1oz3A MSE 254 SELENOMETHIONINE 246 247 248 251 252 253 255 256 304 384 1oz3A MSE 349 SELENOMETHIONINE 344 345 346 347 348 350 351 365 366 367 434 435 436 437 1oz3A MSE 357 SELENOMETHIONINE 355 356 358 359 386 1oz3A MSE 453 SELENOMETHIONINE 218 219 220 221 224 448 449 450 451 452 454 455 469 470 471 1oz3A SO4 1002 SULFATE ION 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273 275 1jubA MG 850 MAGNESIUM ION 32 33 34 35 36 37 1jubA GOL 1001 GLYCEROL 213 214 216 1jubA GOL 1002 GLYCEROL 171 233 234 237 238 1jubA GOL 1003 GLYCEROL 141 167 168 169 170 173 1jubA GOL 1004 GLYCEROL 8 9 10 92 93 94 95 1hlrA FES 908 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER 97 98 99 100 101 102 103 104 136 137 138 139 140 368 1hlrA FES 909 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 58 60 1hlrA IPA 914 ISOPROPYL ALCOHOL 425 497 501 531 535 622 626 696 697 869 1hlrA IPA 915 ISOPROPYL ALCOHOL 193 414 416 683 1hlrA CL 916 CHLORIDE ION 460 461 498 530 531 532 535 536 539 1hlrA MG 917 MAGNESIUM ION 899 903 1hlrA CL 918 CHLORIDE ION 890 891 892 893 900 1hlrA MG 919 MAGNESIUM ION 511 572 1hlrA CL 920 CHLORIDE ION 897 898 899 1hlrA PCD 921 (MOLYBDOPTERIN-CYTOSINE DINUCLEOTIDE-S,S 99 100 139 390 419 420 421 422 425 531 532 533 534 535 650 653 654 655 656 657 659 660 695 696 697 698 699 700 701 702 795 797 798 799 800 803 804 807 864 865 866 867 868 869 1lnqF CA 4 CALCIUM ION 184 124 126 210 212 1fjgD MG 215 MAGNESIUM ION 89 83 88 87 82 85 84 86 1fjgD ZN 300 ZINC ION 31 12 26 19 9 21 1kkjA PLP 501 PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE 93 94 95 98 122 124 125 171 172 197 199 200 223 225 226 232 233 1ayj_ PCA 1 PYROGLUTAMIC ACID 2 3 32 33 50 1jj7A ADP 752 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE 512 514 515 520 539 540 541 542 543 544 545 546 547 555 1jj7A MG 902 MAGNESIUM ION 544 545 667 1kbiB PYR 800 PYRUVIC ACID 143 198 230 254 286 289 373 376 377 1kbiB MPD 801 2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL 255 259 262 263 266 330 334 335 337 338 341 1kbiB FMN 870 FLAVIN MONONUCLEOTIDE 143 144 154 195 196 197 198 228 230 252 254 280 349 371 373 374 376 409 410 411 412 413 430 431 432 433 434 436 1kbiB PO4 900 PHOSPHATE ION 484 485 487 1hr3B FEA 1 MONOAZIDO-MU-OXO-DIIRON 111 1o2aD FAD 700 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE 78 79 80 81 166 169 173 174 178 179 1o2aD FAD 710 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE 53 55 58 81 163 165 166 1o2aD FAD 715 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE 82 83 84 85 86 87 88 90 91 1ihoB EDO 703 1,2-ETHANEDIOL 28 29 30 56 58 61 130 133 134 148 155 1sat_ ZN 472 ZINC ION 176 177 180 186 214 216 1sat_ CA 473 CALCIUM ION 253 254 255 256 257 285 287 288 290 1sat_ CA 474 CALCIUM ION 285 287 288 289 290 327 328 329 1sat_ CA 475 CALCIUM ION 333 334 335 336 337 338 351 352 353 354 356 1sat_ CA 476 CALCIUM ION 342 343 344 345 346 347 360 361 362 363 365 1sat_ CA 477 CALCIUM ION 351 352 353 354 355 356 369 370 371 372 374 1sat_ CA 478 CALCIUM ION 369 370 371 372 373 374 394 399 400 1sat_ CA 479 CALCIUM ION 360 361 362 363 364 365 382 383 384 390 1jvkA PCA 1 PYROGLUTAMIC ACID 2 3 1h8lA GEM 801 (2-GUANIDINOETHYLMERCAPTO)SUCCINIC ACID 74 77 135 142 144 145 181 182 188 192 246 247 249 250 251 252 270 272 1h8lA NAG 901 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 132 136 140 141 142 145 156 1h8lA NAG 902 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 145 156 1h8lA NAG 911 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 321 323 1h8lA NAG 921 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 309 311 375 376 377 1h8lA NAG 922 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 62 309 1h8lA SO4 998 SULFATE ION 90 289 292 293 296 1h8lA ZN 999 ZINC ION 74 77 135 181 182 272 1qopB PLP 500 PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE 85 86 87 114 189 190 191 230 231 232 233 234 235 236 237 303 304 348 350 351 377 378 1qopB NA 501 INDOLE-3-PROPANOL PHOSPHATE 231 232 233 256 268 270 297 304 306 307 308 309 1na3B MG 301 MAGNESIUM ION 21 25 28 1na3B MG 336 MAGNESIUM ION 19 21 22 1na3B IPT 9151 ISOPROPYL-1-BETA-D-THIOGALACTOSIDE 15 46 49 50 61 77 1utrA PCB 1 4,4'-BIS([H]METHYLSULFONYL)-2,2',5,5'-PC 8 11 12 15 16 23 27 39 40 43 47 58 61 62 65 66 1gu1K FA1 201 2,3 -ANHYDRO-QUINIC ACID 92 88 108 28 110 106 81 107 79 113 117 85 82 84 105 17 1gu1K GOL 202 GLYCEROL 28 81 16 17 15 23 19 20 18 92 96 1gu1K TLA 203 TARTARIC ACID 95 92 91 114 27 24 113 23 28 117 1gu1K TRS 204 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL 86 59 87 83 1h5bB CL 1112 CHLORIDE ION 38 40 42 44 1h5bB CL 1114 CHLORIDE ION 44 1hr6G EPE 301 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESU 147 148 175 176 177 174 143 1gmlB GOL 1379 GLYCEROL 215 349 351 353 362 364 376 375 376 377 1ejdB ASI 67 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MG 996 MAGNESIUM ION 405 408 409 413 506 1i58A ACP 998 PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE E 405 408 409 410 413 414 449 452 453 454 458 486 494 498 504 505 506 507 508 531 1ndbB MSE 94 SELENOMETHIONINE 90 91 92 93 95 96 97 1ndbB MSE 152 SELENOMETHIONINE 148 149 150 151 153 154 155 156 157 158 159 174 357 1ndbB MSE 170 SELENOMETHIONINE 31 32 158 159 160 161 168 169 171 172 173 174 458 1ndbB MSE 308 SELENOMETHIONINE 121 122 123 304 305 306 307 309 310 311 321 330 332 336 337 338 340 565 1ndbB MSE 339 SELENOMETHIONINE 120 121 122 124 327 328 329 330 337 338 340 341 351 355 1ndbB MSE 359 SELENOMETHIONINE 124 125 127 138 337 354 355 356 357 358 360 361 362 363 560 1ndbB MSE 372 SELENOMETHIONINE 227 228 231 370 371 373 374 375 1ndbB MSE 377 SELENOMETHIONINE 232 235 239 375 376 378 379 1ndbB MSE 403 SELENOMETHIONINE 113 115 116 117 253 399 400 401 402 404 405 406 407 1ndbB MSE 410 SELENOMETHIONINE 302 408 409 412 587 588 589 600 601 604 605 1ndbB MSE 411 SELENOMETHIONINE 123 301 302 305 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1280 1nv7A AMP 3337 ADENOSINE MONOPHOSPHATE 1017 1018 1020 1021 1024 1026 1027 1028 1029 1030 1031 1034 1112 1113 1140 1160 1177 1nv7A MG 3341 MAGNESIUM ION 1097 1118 1120 1121 1280 1nv7A TL 3351 THALLIUM (I) ION 1121 1274 1275 1276 1280 1313 1nv7A TL 3352 THALLIUM (I) ION 1097 1276 1279 1280 1nv7A TL 3353 THALLIUM (I) ION 1097 1098 1nv7A TL 3354 THALLIUM (I) ION 1097 1098 1118 1119 1120 1121 1nv7A PI 3434 HYDROGENPHOSPHATE ION 1097 1118 1120 1121 1122 1123 1280 1nv7A F6P 4336 FRUCTOSE-6-PHOSPHATE 1243 1ew2A NAG 1000 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 122 123 1ew2A ZN 1001 ZINC ION 42 316 320 358 360 432 1ew2A ZN 1002 ZINC ION 42 43 91 92 316 357 358 432 1ew2A MG 1003 MAGNESIUM ION 42 92 149 153 155 156 311 313 1ew2A MG 1004 MAGNESIUM ION 204 216 217 248 269 270 284 285 1ew2A PO4 1005 PHOSPHATE ION 42 91 92 93 153 154 166 316 320 357 358 432 1i1qA TRP 1001 TRYPTOPHAN 38 39 40 48 49 50 291 292 293 294 453 454 455 463 464 465 1n7sB MPD 401 2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL 254 1n7sB MPD 402 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IOD 1932 IODIDE ION 224 225 226 227 1oxxK IOD 1933 IODIDE ION 39 40 215 216 217 1oxxK IOD 1944 IODIDE ION 349 350 351 1nf2C SO4 880 SULFATE ION 608 610 640 641 642 643 666 791 815 817 818 1nf2C SO4 881 SULFATE ION 623 626 627 630 859 1nf2C MG 882 MAGNESIUM ION 608 610 611 612 791 814 815 818 1j24A CA 1001 CALCIUM ION 38 48 49 50 1b0uA ATP 301 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE 16 19 21 40 41 42 43 44 45 46 47 56 100 179 1b0uA CL 401 CHLORIDE ION 179 180 181 182 193 209 210 211 212 1b0uA CL 402 CHLORIDE ION 153 1b0uA CL 403 CHLORIDE ION 155 156 157 183 184 185 188 1n6eC CHM 2213 1,3-DICHLORO-PROPAN-2-ONE 746 916 917 918 964 965 966 988 990 1o7nB EDO 3 1,2-ETHANEDIOL 615 1o7nB EDO 1451 1,2-ETHANEDIOL 582 584 586 1o7nB EDO 1695 1,2-ETHANEDIOL 550 588 598 602 616 690 691 692 693 1o7nB EDO 1696 1,2-ETHANEDIOL 578 579 580 581 1o7nB SO4 1697 SULFATE ION 563 565 589 1o7nB SO4 1698 SULFATE ION 558 559 560 561 664 672 1o7nB SO4 1699 SULFATE ION 665 666 669 671 1mrp_ FE 310 FE (III) ION 9 57 101 175 193 195 196 1mrp_ PO4 311 PHOSPHATE ION 9 57 58 101 103 139 140 141 142 175 193 195 196 1nb9A MG 201 MAGNESIUM ION 27 33 34 35 36 86 1nb9A ADP 301 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE 19 20 21 22 23 26 27 28 29 33 34 35 36 87 88 89 90 91 93 95 96 97 98 1nb9A RBF 401 RIBOFLAVINE 25 27 32 34 53 69 71 86 88 111 112 113 114 116 122 126 129 1h3nA LEU 1815 LEUCINE 40 41 42 43 80 501 504 507 535 540 541 545 1h3nA LMS 1816 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINO-9H-PURIN-9-YL) 40 41 42 43 49 51 52 54 55 56 536 537 538 540 541 574 575 576 577 637 638 1h3nA ZN 1817 ZINC ION 439 441 442 445 484 486 487 488 1h3nA ZN 1818 ZINC ION 159 161 162 166 176 178 179 1h3nA SO4 1819 SULFATE ION 714 715 716 719 1h3nA SO4 1820 SULFATE ION 706 707 708 769 773 795 1h3nA SO4 1821 SULFATE ION 246 247 248 249 332 337 338 344 1eyqA NAR 501 NARINGENIN 36 37 38 47 48 50 101 105 106 109 110 113 114 187 190 191 1eyqA SUL 601 SULFATE ANION 78 1eyqA SUL 602 SULFATE ANION 125 126 127 128 1eyqA SUL 603 SULFATE ANION 44 45 46 99 1eyqA SUL 604 SULFATE ANION 36 113 190 195 196 197 198 1dljA NAI 403 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEO 6 7 8 9 10 11 12 28 29 30 31 34 67 71 80 81 82 83 96 99 100 103 116 117 118 141 142 143 144 145 204 259 260 263 264 327 1dljA UGA 404 URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCURONIC ACID 118 141 142 143 144 145 204 208 211 215 249 250 251 252 253 255 256 257 258 260 261 264 319 320 380 381 402 1dljA SO4 405 SULFATE ION 144 147 150 1dljA SO4 406 SULFATE ION 363 364 365 366 369 1dljA SO4 407 SULFATE ION 326 327 328 329 332 1dljA GOL 408 GLYCEROL 274 275 276 277 278 281 1dljA GOL 409 GLYCEROL 82 84 259 327 1dljA GOL 410 GLYCEROL 142 143 144 151 154 155 156 157 1i78B BOG 600 B-OCTYLGLUCOSIDE 16 52 53 54 70 71 72 110 111 112 1i78B MPD 710 2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL 18 19 20 249 289 290 291 1i78B MPD 720 2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL 235 236 237 249 250 251 253 289 1i78B BOG 800 B-OCTYLGLUCOSIDE 134 136 175 177 179 1oo0A BME 301 BETA-MERCAPTOETHANOL 128 131 132 135 1oo0A BME 302 BETA-MERCAPTOETHANOL 7 28 29 1oo0A SR 401 STRONTIUM ION 38 40 41 43 44 45 46 1oo0A MPD 501 2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL 105 106 107 108 111 121 124 125 1oo0A MPD 502 2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL 11 13 14 15 20 21 81 82 83 84 85 86 1oo0A GOL 602 GLYCEROL 9 22 24 25 26 34 35 36 48 1ig0B VIB 701 3-(4-AMINO-2-METHYL-PYRIMIDIN-5-YLMETHYL 122 123 124 125 126 198 1ig0B VIB 702 3-(4-AMINO-2-METHYL-PYRIMIDIN-5-YLMETHYL 5 270 272 275 285 286 287 288 289 1a4iA NDP 1 NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUC 148 171 172 173 174 176 177 178 195 196 197 198 202 215 216 217 218 221 236 237 238 239 255 275 276 279 1nc3A FMC 233 FORMYCIN 8 9 50 76 77 78 150 151 152 171 172 173 174 193 196 197 199 203 207 1nc3A FMC 234 FORMYCIN 102 105 1mvcA BM6 200 4-[2-(5,5,8,8-TETRAMETHYL-5,6,7,8-TETRAH 265 268 269 271 272 275 305 306 309 310 313 316 324 325 326 327 342 345 346 349 432 435 436 439 1fjgE SCM 2 SPECTINOMYCIN 21 22 1fjgE MG 70 MAGNESIUM ION 86 85 83 1gvoA FMN 401 FLAVIN MONONUCLEOTIDE 23 24 25 26 27 57 58 100 179 181 184 233 271 275 300 301 302 303 321 322 323 324 325 327 350 351 1gvoA DNF 500 2,4-DINITROPHENOL 26 28 58 68 102 142 181 184 186 241 275 351 1f3mB IOD 606 IODIDE ION 131 134 1f3mB IOD 608 IODIDE ION 98 97 1f3mB IOD 612 IODIDE ION 99 98 85 1f3mB IOD 615 IODIDE ION 119 1f3mB IOD 617 IODIDE ION 114 115 118 1f3mB IOD 624 IODIDE ION 104 108 107 96 99 1f3mB IOD 626 IODIDE ION 88 87 89 1f51A MG 2001 MAGNESIUM ION 34 30 1fs8A HEM 508 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE 92 96 97 98 99 108 109 112 114 115 126 129 130 132 133 134 185 213 214 215 216 218 220 238 277 279 398 400 1fs8A HEM 509 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE 50 53 57 60 61 64 102 166 167 168 170 171 172 179 203 207 210 296 300 302 310 311 313 1fs8A HEM 510 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE 70 98 99 100 101 102 104 105 108 132 133 134 166 170 171 207 210 211 213 214 215 295 299 300 315 316 1fs8A HEM 511 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE 99 208 211 215 279 280 283 288 293 294 295 298 299 316 317 318 319 400 401 403 404 405 1fs8A HEM 512 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE 287 288 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1innB MSE 67 SELENOMETHIONINE 41 62 63 64 65 66 68 69 70 71 74 77 99 102 103 106 1innB MSE 80 SELENOMETHIONINE 60 79 40 41 42 56 78 79 81 82 83 84 85 87 1innB MSE 86 SELENOMETHIONINE 39 40 41 42 43 56 59 60 63 77 78 79 84 85 87 1innB MSE 88 SELENOMETHIONINE 37 38 39 41 71 74 76 77 87 89 90 99 1innB MSE 100 SELENOMETHIONINE 21 22 95 96 97 98 99 101 102 103 104 148 149 150 1innB MET 501 SELENOMETHIONINE 60 61 64 68 75 76 77 78 1h3oD MSE 56 SELENOMETHIONINE 55 57 58 59 1h3oD MSE 83 SELENOMETHIONINE 86 82 85 84 81 80 79 87 87 84 1h3oD MSE 126 SELENOMETHIONINE 120 121 124 127 125 128 117 91 1h3oD MSE 869 SELENOMETHIONINE 62 1mlzA PLP 430 PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE 53 111 112 113 114 116 144 145 146 211 245 247 248 274 1mlzA TZA 431 TRANS-AMICLENOMYCIN 17 52 53 144 217 274 376 391 392 393 398 1mlzA NA 501 TRANS-AMICLENOMYCIN 95 96 97 99 100 101 102 103 104 1mlzA PLP 530 PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE 110 307 308 309 310 1mlzA TZA 531 TRANS-AMICLENOMYCIN 307 1o8pA CA 1149 CALCIUM ION 30 31 32 52 53 142 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TRIETHYLENE GLYCOL 80 81 82 83 1o28C PGE 735 TRIETHYLENE GLYCOL 58 81 163 165 1n2xA MSE 12 SELENOMETHIONINE 10 11 13 14 15 16 38 242 270 271 272 276 283 286 287 288 1n2xA MSE 102 SELENOMETHIONINE 31 32 82 100 101 103 104 222 225 226 240 241 242 1n2xA MSE 128 SELENOMETHIONINE 116 117 118 126 127 129 138 183 208 211 212 215 216 1n2xA MSE 130 SELENOMETHIONINE 56 57 58 105 106 110 116 118 129 131 132 212 216 218 1n2xA SAM 401 S-ADENOSYLMETHIONINE 8 10 30 31 32 33 34 35 36 37 38 54 55 56 57 60 67 80 81 82 103 104 105 106 107 110 221 282 1n2xA SO4 500 SULFATE ION 198 199 200 201 206 1hfx_ CA 124 CALCIUM ION 79 80 81 82 84 85 86 87 88 1k3gA HEC 93 HEME C 27 28 31 32 33 34 35 36 44 45 46 47 48 51 55 59 60 63 64 68 69 70 71 72 75 76 80 81 84 85 87 88 1ggxC CRQ 68 [2-(3-CARBAMOYL-1-IMINO-PROPYL)-4-(4-HYD 64 63 65 62 69 199 215 213 42 44 70 93 95 197 177 163 161 146 198 144 145 214 109 120 111 43 1n8fA MN 351 MANGANESE (II) ION 61 92 97 268 302 326 1n8fA PEP 1396 PHOSPHOENOLPYRUVATE 61 92 94 97 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ZN 730 ZINC ION 196 198 199 222 224 289 1mxdA CA 731 ACARBOSE 110 147 155 156 157 158 164 165 202 203 1mxdA ACR 732 ACARBOSE 4 7 8 9 241 278 279 307 308 309 337 338 339 340 355 358 361 1mxdA ACR 733 ACARBOSE 130 131 132 140 141 142 144 145 171 172 1mxdA ACR 734 ACARBOSE 3 324 327 328 331 390 391 392 393 394 398 399 400 435 1mxdA ACR 735 ACARBOSE 18 62 108 111 159 196 198 199 201 222 224 225 288 289 1mxdA GLC 736 GLUCOSE 291 293 294 296 316 320 321 1mxdA ACT 737 ACETATE ION 32 33 36 318 323 1qfjD GOL 604 GLYCEROL 35 47 48 49 112 203 227 1uroA BME 900 BETA-MERCAPTOETHANOL 222 223 263 264 1ndfA 152 5001 CARNITINE 102 107 343 347 452 454 465 518 552 553 554 566 569 1cnoG GOL 2 GLYCEROL 61 50 49 48 65 1cnoG HEC 200 HEM C 18 60 30 47 32 44 14 13 63 29 17 59 43 40 52 39 35 31 79 75 67 56 28 57 54 39 35 52 1o7gB EDO 1695 1,2-ETHANEDIOL 550 588 598 602 616 690 691 692 693 1o7gB EDO 1696 1,2-ETHANEDIOL 591 594 1o7gB EDO 1697 1,2-ETHANEDIOL 514 515 638 658 659 660 677 678 679 1o7gB EDO 1698 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LINKAGE 60 62 102 104 106 448 450 506 508 1aozA C1O 703 CU-O LINKAGE 60 61 62 63 64 73 104 448 449 450 451 1aozA CU 812 COPPER (II) ION 286 287 1rkd_ ADP 310 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE 187 223 224 225 226 228 229 243 245 247 250 253 254 257 278 279 282 283 286 1rkd_ RIB 311 RIBOSE 14 16 41 42 43 46 98 100 110 112 143 251 252 255 291 1rkd_ PO4 312 PHOSPHATE ION 167 168 169 170 187 189 190 1rkd_ PO4 313 PHOSPHATE ION 17 36 38 1nf6K FEC 106 1,3,5,8-TETRAMETHYL-PORPHINE-2,4,6,7-TET 24 60 61 20 31 32 28 27 35 57 54 50 168 58 167 164 169 1nf6K FE 200 FE (III) ION 132 99 30 135 56 52 131 59 1nf6K SO4 1604 SULFATE ION 114 1nf6K SO4 2101 SULFATE ION 164 162 163 50 165 1nf6K SO4 2102 SULFATE ION 5 4 6 1nf6K SO4 2103 SULFATE ION 148 144 1nf6K SO4 2201 SULFATE ION 61 1nf6K CRY 2615 PROPANE-1,2,3-TRIOL 103 104 1nmwA SO4 200 SULFATE ION 61 63 67 68 69 71 72 153 154 1oxy_ CU 629 COPPER (II) ION 49 200 204 324 328 360 364 1oxy_ CU 630 COPPER (II) ION 49 173 177 204 324 351 360 364 1oxy_ OXY 631 OXYGEN MOLECULE 49 173 177 200 204 324 328 354 360 364 1ilxI HEM 51 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE 22 1lyvA CL 999 CHLORIDE ION 215 216 217 235 236 237 1lyvA PO4 1000 PHOSPHATE ION 356 357 403 404 405 406 407 408 409 410 446 450 1h0aA DIO 1159 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE 57 60 61 64 81 95 96 99 102 103 1h0aA DIO 1160 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE 138 141 1h0aA DIO 1161 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE 48 86 87 88 144 147 148 151 1h0aA DIO 1162 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE 107 108 110 124 1h0aA DIO 1163 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE 143 146 1h0aA I3P 1164 D-MYO-INOSITOL-1,4,5-TRIPHOSPHATE 4 7 8 11 25 28 29 30 31 63 66 69 70 73 1gnuA NI 200 NICKEL (II) ION 67 69 1k2eB SO4 202 SULFATE ION 121 122 123 124 125 126 127 1k2eB CRY 205 PROPANE-1,2,3-TRIOL 3 5 19 26 30 31 80 82 91 93 122 1k2eB CRY 207 PROPANE-1,2,3-TRIOL 1 88 89 90 91 1k2eB CRY 208 PROPANE-1,2,3-TRIOL 10 11 13 100 110 1k2eB ACY 209 ACETIC ACID 27 78 80 93 95 122 123 124 125 128 1k2eB ACY 210 ACETIC ACID 67 1k2eB NI 212 NICKEL (II) ION 19 31 84 91 1eb6A ZN 178 ZINC ION 128 129 132 143 146 163 1eb6A EDO 1178 1,2-ETHANEDIOL 9 12 13 16 1eb6A EDO 1179 1,2-ETHANEDIOL 118 119 120 124 164 167 168 171 1eb6A EDO 1180 1,2-ETHANEDIOL 24 113 114 115 119 121 124 171 174 175 1hpuD MN 600 MANGANESE (II) ION 84 117 116 217 252 41 1hpuD MN 601 MANGANESE (II) ION 84 117 41 43 217 252 254 1hpuD A12 1605 PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ES 117 84 410 116 252 217 178 254 379 375 407 504 458 429 408 498 459 405 179 120 180 431 1fvnA AIB 32 ALPHA-AMINOISOBUTYRIC ACID 28 29 30 31 33 34 35 36 1fvnA NH2 37 AMINO GROUP 33 34 35 36 1g2iC MSE 401 SELENOMETHIONINE 402 429 428 427 463 403 464 565 1g2iC MSE 489 SELENOMETHIONINE 485 484 488 487 486 492 490 491 494 493 496 544 465 459 404 464 462 463 1g2iC MSE 527 SELENOMETHIONINE 526 507 530 525 523 529 528 524 532 531 534 519 503 512 545 518 1g2iC MSE 558 SELENOMETHIONINE 557 554 561 556 555 560 559 562 563 418 422 419 423 497 1ctqA GNP 167 PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ES 10 11 12 13 14 15 16 17 18 28 29 30 31 32 33 34 35 57 58 59 60 61 116 117 118 119 120 144 145 146 147 1ctqA MG 168 MAGNESIUM ION 16 17 33 34 35 57 58 1gd1P NAD 336 NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 6 7 8 9 10 11 12 13 31 32 33 76 77 95 96 97 98 99 100 119 120 149 176 179 180 313 314 317 187 188 1gd1P SO4 338 SULFATE ION 179 181 195 231 1gd1P SO4 339 SULFATE ION 121 148 150 151 207 208 209 210 1oq9A FE 364 FE (III) ION 105 143 146 203 225 229 1oq9A FE 365 FE (III) ION 139 143 146 196 199 229 232 1oq9A ACT 366 ACETATE ION 105 111 139 143 146 196 199 229 232 1guwA MLY 4 N-DIMETHYL-LYSINE 22 43 1guwA MLY 9 N-DIMETHYL-LYSINE 18 19 20 21 42 45 49 51 53 54 58 1dboA MAN 507 ALPHA-D-MANNOSE 199 202 233 234 257 258 465 469 1dboA RAM 508 RHAMNOSE 257 258 280 282 461 462 463 464 465 469 1dboA GCU 509 D-GLUCURONIC ACID 199 202 233 234 257 450 1dboA NGA 514 N-ACETYL-D-GALACTOSAMINE 213 243 244 245 250 269 271 298 318 333 334 364 1dboA SO4 515 SULFATE ION 296 298 318 334 360 363 364 1dboA GC4 516 4-DEOXY-D-GLUCURONIC ACID 213 318 363 364 1izlC 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(II) ION 386 419 420 492 494 497 502 1gskA C2O 1516 CU-O-CU LINKAGE 105 107 151 153 155 297 422 424 489 491 493 498 1gskA C1O 1517 CU-O LINKAGE 105 106 107 108 109 116 422 423 424 425 1dqbA NAG 121 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 18 19 20 21 1dqbA NAG 148 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 34 35 36 37 43 44 45 46 47 48 49 1qu0C CA 703 CALCIUM ION 2982 2999 3000 3053 3054 3055 1qu0C SO4 804 SULFATE ION 2982 2999 3050 3051 3052 3053 3055 1qu0C SO4 805 SULFATE ION 2945 3065 3066 3067 3079 3108 1f8sG BE2 19 2-AMINOBENZOIC ACID 90 465 89 372 227 464 430 463 223 1f8sG BE2 20 2-AMINOBENZOIC ACID 227 223 208 207 90 356 374 322 209 1f8sG BE2 21 2-AMINOBENZOIC ACID 227 228 207 224 154 223 157 220 209 1f8sG FAD 526 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE 42 70 71 295 43 69 72 426 293 294 40 41 63 39 67 65 425 64 298 260 261 302 259 62 466 88 465 464 91 90 467 89 87 372 430 326 420 86 324 429 457 469 44 456 45 1f8sG NAG 1543 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 172 174 175 171 1iqqA NAG 1 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 29 66 67 110 111 116 118 119 122 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ION 183 231 237 239 240 241 460 1tc1B MES 801 N-(ETHYLSULFIDE)MORPHOLINE 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 1tc1B FMB 901 FORMYCIN B 113 115 143 160 163 164 165 166 170 171 1lcsA 15P 219 POLYETHYLENE GLYCOL (N=34) 85 86 87 89 117 1lcsA NAG 401 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 9 11 27 29 204 1lcsA NAG 402 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 207 1lcsA NAG 501 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 24 25 26 40 41 42 45 159 1lcsA NAG 502 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 40 1c8nB CA 302 CALCIUM ION 163 160 1c8nB CA 304 CALCIUM ION 220 275 219 218 1lxmA NAG 2000 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 371 416 421 423 1lxmA GCU 2001 D-GLUCURONIC ACID 370 371 416 429 479 488 1lxmA NAG 2002 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 370 372 373 488 542 660 1lxmA GCU 2003 D-GLUCURONIC ACID 321 372 376 380 432 546 1lxmA NAG 2004 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 321 380 435 1lxmA GCU 2005 D-GLUCURONIC ACID 494 557 560 596 598 599 1nqeA MG 1 MAGNESIUM ION 449 1nqeA C8E 800 (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE 340 341 342 357 358 359 367 369 370 371 1nqeA C8E 801 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ION 136 265 266 267 268 1p0iA NAG 1 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 241 245 281 336 337 338 341 342 343 344 1p0iA NAG 2 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 248 281 334 335 336 337 349 1p0iA FUC 3 FUCOSE 245 248 249 278 279 280 281 338 340 341 1p0iA NAG 530 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 105 106 188 190 1p0iA NAG 531 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 14 55 57 1p0iA NAG 532 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 465 466 469 482 485 1p0iA SUL 601 SULFATE ANION 315 316 413 414 415 1p0iA SUL 602 SULFATE ANION 372 517 520 521 525 1p0iA GOL 603 GLYCEROL 16 18 27 29 61 98 129 131 1p0iA GOL 604 GLYCEROL 230 231 232 233 234 238 242 287 288 291 1p0iA GOL 605 GLYCEROL 82 115 116 120 128 197 198 438 439 1p0iA BUA 606 BUTANOIC ACID 115 116 117 118 197 198 199 231 286 288 329 398 438 1p0iA MES 607 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID 323 420 422 500 513 514 515 516 518 1p0iA CL 701 CHLORIDE ION 80 83 1p0iA CL 702 CHLORIDE ION 486 487 488 508 1pvoE ANP 605 PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ES 158 179 180 181 182 183 184 185 186 212 353 355 1pvoE ANP 606 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CALCIUM ION 134 135 136 223 225 226 1alwA CA 8 CALCIUM ION 140 143 1alwA ISA 11 3-(4-IODOPHENYL)-2-MERCAPTO-(Z)-2-PROPEN 122 125 126 128 129 132 137 166 169 170 173 224 1qkmA GEN 600 GENISTEIN 295 298 299 301 302 305 336 339 340 343 346 356 373 376 380 472 475 476 479 1ikl_ CH3 25 METHYL GROUP 22 23 24 25 26 65 66 1a0cD CO 491 COBALT (II) ION 295 265 338 267 231 270 1a0cD CO 492 COBALT (II) ION 267 297 338 270 308 269 306 1nutA SO4 301 SULFATE ION 92 95 98 149 152 155 1nutA APC 401 DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL 12 13 14 15 16 21 22 25 56 133 134 135 136 137 138 165 166 167 198 199 200 201 202 203 206 1nutA APC 402 DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL 140 1kc8F NA 8351 BLASTICIDIN S 51 53 1kc8F CL 8507 CHLORIDE ION 146 1ms1B DAN 2701 2-DEOXY-2,3-DEHYDRO-N-ACETYL-NEURAMINIC 35 36 53 59 60 95 96 119 120 121 176 195 229 230 245 284 312 314 342 1ms1B GOL 2802 GLYCEROL 35 53 57 59 119 312 314 362 364 1k55A KCX 70 LYSINE NZ-CARBOXYLIC ACID 66 67 68 69 71 72 73 74 75 111 112 115 116 117 120 154 155 205 1k55A SUL 1003 SULFATE ANION 95 1k55A SUL 1004 SULFATE ANION 79 80 131 134 135 1k55A SUL 1006 SULFATE ANION 113 115 206 250 251 1k55A SUL 1007 SULFATE ANION 67 115 205 206 207 208 250 1k55A SUL 1012 SULFATE ANION 127 128 129 130 131 1k55A SUL 1015 SULFATE ANION 98 99 100 101 1k55A SUL 1016 SULFATE ANION 62 160 1k55A SUL 1020 SULFATE ANION 100 1k55A SUL 1024 SULFATE ANION 95 1k55A EDO 1038 1,2-ETHANEDIOL 195 200 202 222 226 255 258 259 263 264 1k55A EDO 1039 1,2-ETHANEDIOL 198 199 200 201 227 228 229 230 1k55A EDO 1040 1,2-ETHANEDIOL 91 105 1k55A EDO 1041 1,2-ETHANEDIOL 36 38 214 217 240 241 242 1ftlB DNQ 364 6,7-DINITROQUINOXALINE-2,3-DIONE 13 16 61 89 90 91 96 174 192 193 195 196 220 1ftlB SO4 366 SULFATE ION 138 140 141 142 143 144 174 193 218 1ueaD ZN 1 ZINC ION 1 2 68 67 1fc4B MSE 1 SELENOMETHIONINE 169 174 175 204 -1 0 2 3 4 5 1fc4B MSE 69 SELENOMETHIONINE 57 62 65 66 65 66 67 68 70 71 72 73 74 280 1fc4B MSE 76 SELENOMETHIONINE 32 248 249 72 74 75 77 78 83 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1ilxD CLA 46 CHLOROPHYLL A 149 148 1ilxD CLA 47 CHLOROPHYLL A 114 117 110 1ilxD CLA 48 CHLOROPHYLL A 60 1ilxD CLA 49 CHLOROPHYLL A 23 1a9xC ADP 3900 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE 2175 2176 2174 2243 2173 2129 2299 2285 2177 2301 2169 2298 2376 2215 2167 2242 2244 2241 2240 2239 2207 2210 2209 2208 2211 2144 1a9xC MN 3901 MANGANESE (II) ION 2174 2173 2129 2303 2301 2127 2299 2285 1a9xC MN 3902 MANGANESE (II) ION 2244 2243 2285 2299 2301 1a9xC K 3903 POTASSIUM ION 2242 2243 2247 2244 2236 2215 2238 2239 2240 1a9xC K 3904 POTASSIUM ION 2129 2301 2127 2300 2299 2302 2126 1a9xC PO4 3906 PHOSPHATE ION 2306 2175 2174 2243 2303 2301 2299 2285 2244 2176 2305 1a9xC ADP 3910 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE 2841 2788 2725 2829 2840 2715 2909 2761 2789 2786 2787 2785 2784 2713 2755 2754 2690 2756 2753 1a9xC MN 3911 MANGANESE (II) ION 2841 2843 2788 2789 2829 1a9xC K 3912 POTASSIUM ION 2841 2843 2673 2845 1a9xC K 3913 POTASSIUM ION 2761 2784 2785 2783 2781 2786 2789 2787 2792 2788 1a9xC ORN 3920 ORNITHINE 3041 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(III) ION 139 143 146 196 199 229 232 1oq4D AZI 3366 AZIDE ION 105 139 143 146 195 196 199 229 232 1j41A HNI 142 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING NI(II) 87 91 58 62 83 136 61 65 98 101 42 93 43 86 66 132 133 105 129 97 32 39 45 46 1o9sB MLZ 4 N-METHYL-LYSINE 245 264 265 266 267 268 293 295 305 335 337 1o9sB SAH 1367 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE 223 224 225 226 227 228 264 265 293 294 295 296 297 335 352 356 1clf_ FS4 56 IRON/SULFUR CLUSTER 4 8 9 10 11 12 13 14 30 46 47 48 49 51 52 1clf_ FS4 57 IRON/SULFUR CLUSTER 2 17 18 19 20 22 23 32 37 38 39 40 41 42 43 44 1jf2A CZH 196 C2-HYDROPEROXY-COELENTERAZINE 22 25 28 29 42 45 46 50 64 68 71 72 88 92 111 114 115 118 119 135 138 142 144 168 171 172 175 179 190 1k5nA GOL 1001 GLYCEROL 115 122 125 134 1k5nA GOL 2001 GLYCEROL 6 8 27 29 30 1rof_ FS4 61 IRON/SULFUR CLUSTER 10 11 12 13 14 15 16 17 25 32 33 51 52 53 55 56 1mpgA GOL 1 GLYCEROL 85 86 87 90 91 231 263 266 1n9bA MA4 300 CYCLOHEXYL-HEXYL-BETA-D-MALTOSIDE 26 221 224 225 226 231 246 248 250 261 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132 145 146 148 324 354 380 382 386 387 388 389 391 393 415 416 417 418 440 442 467 469 1m0wA SO4 506 SULFATE ION 135 136 137 138 1m0wA SO4 507 SULFATE ION 163 190 1m0wA SO4 511 SULFATE ION 389 390 391 393 469 1jogD MSE 33 SELENOMETHIONINE 39 34 32 28 31 29 30 35 32 1jogD MSE 60 SELENOMETHIONINE 58 62 59 57 63 56 139 64 65 11 8 7 1jogD MSE 61 SELENOMETHIONINE 58 62 59 57 139 63 56 64 92 135 65 66 83 87 93 84 99 1jogD MSE 96 SELENOMETHIONINE 97 95 93 88 98 94 99 84 100 85 81 1jogD MSE 105 SELENOMETHIONINE 103 101 104 108 102 106 107 50 109 121 124 125 1jogD MSE 119 SELENOMETHIONINE 120 116 117 121 118 122 43 115 123 1dssR CCS 149 CARBOXYMETHYLATED CYSTEINE 147 148 150 151 152 153 176 311 313 317 1dssR NAD 335 NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 186 188 6 7 8 9 10 11 12 13 31 32 33 34 35 76 77 95 96 97 98 99 100 119 120 148 179 180 313 314 317 1dssR SO4 501 SULFATE ION 148 150 151 174 176 207 208 209 210 229 231 1dssR SO4 502 SULFATE ION 179 180 181 231 1hc7D ZN 490 ZINC ION 427 426 458 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CONTAINING FE 33 34 38 39 42 43 48 54 59 60 63 64 136 137 138 140 152 153 154 155 156 163 164 1ft5A HEM 215 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE 8 11 12 15 18 19 22 27 86 87 88 91 92 130 172 177 178 179 180 181 182 184 194 196 197 200 201 1ft5A HEM 216 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE 26 27 29 30 33 39 62 63 64 65 86 90 91 130 133 134 137 138 166 168 171 172 174 176 177 178 1ft5A IPS 217 INORGANIC PHOSPHATE GROUP 68 74 75 76 77 1ft5A IPS 218 INORGANIC PHOSPHATE GROUP 8 9 12 19 22 23 1ft5A IPS 219 INORGANIC PHOSPHATE GROUP 31 32 35 84 1mfzA MSE 1 SELENOMETHIONINE 24 23 2 25 3 79 190 186 189 1mfzA MSE 173 SELENOMETHIONINE 248 244 247 245 171 172 174 196 197 175 158 199 1mfzA MSE 208 SELENOMETHIONINE 127 207 206 209 210 204 205 211 212 241 236 231 230 276 227 1mfzA MSE 242 SELENOMETHIONINE 255 260 212 238 239 240 243 241 244 245 246 224 227 223 1mfzA MSE 258 SELENOMETHIONINE 224 220 246 253 221 223 259 257 255 256 260 254 216 1mfzA MSE 289 SELENOMETHIONINE 292 296 293 288 226 287 290 292 291 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(II) ION 129 131 132 145 1ltlB ZN 3 ZINC ION 135 134 132 159 157 156 154 139 137 158 1ubgA DTP 331 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE 68 69 70 71 72 73 74 75 76 102 105 194 196 242 264 266 267 1ddzB ZN 3 ZINC ION 149 151 152 174 205 208 209 210 1ddzB ZN 4 ZINC ION 403 405 428 459 462 463 464 1fknB LOL 4 LEUCINOL 30 32 34 71 73 108 115 118 228 230 231 1fknB ALQ 5 2-METHYL-PROPIONIC ACID 32 34 35 70 71 72 198 226 228 231 1o6eA MIP 1236 MONOISOPROPYL ESTER PHOSPHONIC ACID GROU 25 48 115 116 117 118 143 146 147 148 1d0qA ZN 151 ZINC ION 40 42 43 49 61 63 64 1h2kA FE2 1350 FE (II) ION 199 201 279 296 1h2kA OGA 1351 N-OXALYOLGLYCINE 145 188 196 199 201 205 207 214 273 279 281 292 294 296 1h2kA SO4 1352 SULFATE ION 135 138 139 140 141 142 1h2kA SO4 1353 SULFATE ION 33 143 192 193 284 285 286 1n3bB MSE 1 SELENOMETHIONINE 2 3 200 201 134 138 153 156 1n3bB MSE 58 SELENOMETHIONINE 50 51 54 55 56 57 59 60 64 65 66 69 70 73 1n3bB MSE 142 SELENOMETHIONINE 137 138 139 140 141 143 144 145 146 147 148 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MG 9157 MAGNESIUM ION 807 808 833 1iw7D MG 9308 MAGNESIUM ION 5 1468 1470 1iw7D MG 9310 MAGNESIUM ION 719 1iw7D MG 9312 MAGNESIUM ION 474 478 500 1388 1iw7D MG 9314 MAGNESIUM ION 1310 1iw7D MG 9318 MAGNESIUM ION 1154 1iw7D MG 9319 MAGNESIUM ION 250 1iw7D MG 9320 MAGNESIUM ION 1381 1382 1383 1384 1389 1iw7D MG 9323 MAGNESIUM ION 1501 1502 1503 1504 1iw7D MG 9324 MAGNESIUM ION 919 920 1213 1iw7D MG 9327 MAGNESIUM ION 1128 1129 1130 1131 1iw7D MG 9331 MAGNESIUM ION 38 39 40 1iw7D MG 9338 MAGNESIUM ION 1033 1iw7D MG 9353 MAGNESIUM ION 1055 1058 1iw7D MG 9355 MAGNESIUM ION 1154 1182 1iw7D MG 9357 MAGNESIUM ION 1077 1078 1iw7D MG 9360 MAGNESIUM ION 1165 1202 1203 1214 1iw7D MG 9363 MAGNESIUM ION 799 823 1iw7D MG 9364 MAGNESIUM ION 528 1iw7D MG 9365 MAGNESIUM ION 1441 1iw7D MG 9411 MAGNESIUM ION 232 371 1iw7D MG 9412 MAGNESIUM ION 1179 1iw7D MG 9414 MAGNESIUM ION 417 418 1iw7D MG 9415 MAGNESIUM ION 1123 1132 1iw7D MG 9420 MAGNESIUM ION 610 1441 1iw7D MG 9423 MAGNESIUM ION 187 188 1iw7D MG 9426 MAGNESIUM ION 636 936 1iw7D MG 9431 MAGNESIUM ION 176 1iw7D MG 9432 MAGNESIUM ION 1431 1455 1iw7D MG 9433 MAGNESIUM ION 1383 1iw7D MG 9434 MAGNESIUM ION 1311 1iw7D MG 9435 MAGNESIUM ION 940 944 1iw7D MG 9436 MAGNESIUM ION 651 654 677 678 1iw7D MG 9451 MAGNESIUM ION 386 1iw7D MG 9456 MAGNESIUM ION 97 459 558 1iw7D MG 9461 MAGNESIUM ION 1051 1gvnC SO4 603 SULFATE ION 12 1lw5A MSE 1 SELENOMETHIONINE 2 3 301 304 305 306 1lw5A MSE 16 SELENOMETHIONINE 12 13 14 15 17 18 19 21 201 202 203 204 239 242 243 1lw5A MSE 20 SELENOMETHIONINE 12 17 18 19 21 22 23 204 235 238 239 17 235 1lw5A MSE 60 SELENOMETHIONINE 55 56 57 58 59 61 62 63 64 65 223 226 227 228 226 227 228 1lw5A MSE 67 SELENOMETHIONINE 63 64 65 66 68 69 70 95 96 222 226 72 1lw5A MSE 92 SELENOMETHIONINE 63 66 76 78 84 85 88 90 91 93 94 95 96 97 98 100 1lw5A MSE 99 SELENOMETHIONINE 74 75 76 97 98 100 101 84 85 90 93 100 1lw5A MSE 110 SELENOMETHIONINE 77 78 79 103 104 105 106 108 109 111 112 115 132 133 134 150 154 1lw5A MSE 194 SELENOMETHIONINE 58 59 61 62 166 167 168 169 170 192 193 195 196 207 208 209 1lw5A LLP 199 2-LYSINE(3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOSPHONOO 7 8 10 57 58 59 62 83 88 135 137 139 168 170 171 196 197 198 200 201 202 203 207 231 1lw5A MSE 225 SELENOMETHIONINE 221 222 223 224 226 227 72 73 59 63 88 89 90 91 94 95 1lw5A MSE 230 SELENOMETHIONINE 27 28 29 54 55 56 228 229 231 232 233 236 56 205 1lw5A MSE 247 SELENOMETHIONINE 13 200 201 202 242 243 244 245 246 248 249 250 251 321 1lw5A MSE 281 SELENOMETHIONINE 7 139 142 143 171 258 277 279 280 282 283 316 317 318 1lw5A PLG 1002 N-GLYCINE-[3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOSPHON 30 224 229 231 1lw5A CA 1005 CALCIUM ION 7 8 9 10 198 202 203 204 1lw5A CA 1006 CALCIUM ION 231 232 1lw5A CL 1010 CHLORIDE ION 71 72 1lw5A CL 1014 CHLORIDE ION 11 17 1lw5A CL 1015 CHLORIDE ION 23 24 25 1llmC ZN 301 ZINC ION 106 108 109 110 111 122 126 1llmC ZN 302 ZINC ION 134 136 137 138 139 150 155 1muuC MSE 1 SELENOMETHIONINE 2 3 24 25 78 79 186 189 190 1muuC MSE 173 SELENOMETHIONINE 158 171 172 174 175 196 197 199 244 245 247 248 252 1muuC MSE 208 SELENOMETHIONINE 127 203 204 205 206 207 209 210 211 212 213 227 230 231 234 236 241 276 1muuC MSE 242 SELENOMETHIONINE 223 224 227 238 239 240 241 243 244 245 246 212 255 260 1muuC MSE 258 SELENOMETHIONINE 216 254 255 256 257 259 260 220 223 224 245 246 253 1muuC MSE 289 SELENOMETHIONINE 219 222 223 226 287 288 290 291 292 293 292 293 296 1muuC MSE 294 SELENOMETHIONINE 264 270 273 274 290 292 293 295 296 297 298 1muuC MSE 341 SELENOMETHIONINE 301 302 305 336 337 338 339 340 342 343 344 345 1muuC MSE 423 SELENOMETHIONINE 407 418 421 422 424 425 426 427 428 431 432 433 436 239 1muuC NAD 1003 NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 6 7 8 9 10 11 12 29 30 31 32 35 83 84 85 86 98 101 102 105 122 123 124 157 161 1muuC NAD 1004 NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 267 268 271 272 331 1muuC GDX 1007 GUANOSINE 5'-(TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE), 124 157 158 159 160 161 210 214 217 221 225 1muuC GDX 1008 GUANOSINE 5'-(TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE), 251 256 257 259 260 261 262 263 264 265 266 268 269 272 323 324 1muuC SUC 1009 SUCROSE 315 389 390 391 392 412 413 414 1yujA ZN 64 ZINC ION 36 38 39 40 41 52 53 56 57 1mwhA GTG 1425 7-METHYL-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE-5'-GU 32 35 36 211 811 812 813 814 851 852 853 854 855 862 863 1031 1034 1035 1mwhA MN 1500 MANGANESE (II) ION 583 584 585 735 736 780 781 1kqcD FMN 520 FLAVIN MONONUCLEOTIDE 36 38 39 40 41 42 102 124 142 145 1kqcD FMN 521 FLAVIN MONONUCLEOTIDE 10 11 12 14 70 71 74 144 151 162 163 164 165 166 187 200 205 207 1kqcD ACT 524 ACETATE ION 39 40 41 42 124 1kqcD ACT 525 ACETATE ION 14 70 1kqfA CSE 196 SELENOCYSTEINE 192 193 194 195 197 198 199 410 413 414 447 451 1002 1kqfA FS4 800 IRON/SULFUR CLUSTER 50 52 53 54 55 56 57 91 92 94 95 237 238 239 240 1kqfA MGD 801 2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9 51 101 166 168 169 192 195 410 414 448 555 556 557 558 559 562 563 582 583 584 585 587 616 617 618 619 649 894 895 896 901 902 903 904 974 988 989 992 1005 1006 1kqfA MGD 802 2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9 53 94 197 229 230 231 232 233 235 236 237 258 259 260 261 263 275 276 277 278 279 280 409 410 411 412 415 445 446 447 448 893 894 895 896 897 898 899 900 901 902 974 975 1006 1kqfA 6MO 803 MOLYBDENUM(VI) ION 410 447 448 451 896 902 1or4A HEM 180 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE 69 73 79 82 83 86 87 91 92 95 96 99 103 115 119 122 123 125 126 128 132 133 136 137 140 1or4A CYN 181 CYANIDE ION 69 70 92 96 123 1ctt_ DHZ 295 3,4-DIHYDRO-1H-PYRIMIDIN-2-ONE NUCLEOSID 66 69 71 73 89 90 91 100 101 102 103 104 126 127 128 129 1ctt_ ZN 296 ZINC ION 102 104 128 129 131 132 1ow0C NAG 710 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 44 1ow0C NAG 720 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 32 56 57 58 1ow0C NAG 721 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 56 1ow0C NAG 730 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 118 119 120 1ow0C NAG 740 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 110 122 124 156 1ow0C NAG 741 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 111 1gaxA VAA 990 N-[VALINYL]-N'-[ADENOSYL]-DIAMINOSUFONE 41 42 43 44 50 52 53 55 56 81 456 459 486 487 488 489 490 491 495 518 519 520 521 528 529 1gaxA ZN 998 ZINC ION 176 178 179 344 346 347 348 1gaxA ZN 999 ZINC ION 417 419 420 421 422 438 440 441 442 1hq6C PVL 82 PYRUVOYL GROUP 81 80 1m1sA MSE 100 SELENOMETHIONINE 98 99 101 102 122 123 124 125 129 176 178 1m1sA MSE 187 SELENOMETHIONINE 147 185 186 188 189 190 191 192 1fe8I NAG 551 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 57 58 56 55 1fe8I FUC 552 FUCOSE 56 1mb4B CYS 501 CYSTEINE 133 134 161 162 165 166 229 240 243 267 274 350 1mb4B NDP 503 NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUC 7 8 9 10 11 12 13 35 36 37 38 71 72 73 74 96 97 134 164 165 166 167 168 350 351 354 355 1qu2A MRC 1 MUPIROCIN 55 56 57 58 64 65 66 67 69 70 95 528 531 554 555 557 558 562 585 586 587 588 596 597 598 603 1qu2A ZN 1001 ZINC ION 886 888 889 890 905 906 908 909 1qu2A MO5 1203 MAGNESIUM ION, 5 WATERS COORDINATED 626 702 1qu2A MO4 1205 MAGNESIUM ION, 4 WATERS COORDINATED 647 713 717 718 1qu2A MO4 1208 MAGNESIUM ION, 4 WATERS COORDINATED 700 702 703 706 1qu2A MO4 1210 MAGNESIUM ION, 4 WATERS COORDINATED 632 1qu2A ZN 1992 ZINC ION 200 201 202 1lxnB MSE 41 SELENOMETHIONINE 1003 1004 1005 1044 1077 1078 1079 1088 1091 1lxnB SO4 161 SULFATE ION 1016 1017 1018 1019 1lxnB SO4 361 SULFATE ION 1071 1lxnB SO4 461 SULFATE ION 1081 1086 1094 1lxnB MSE 1001 SELENOMETHIONINE 1002 1003 1035 1046 1047 1048 1079 1081 1085 1086 1087 1lxnB MSE 1041 SELENOMETHIONINE 1005 1007 1039 1040 1042 1043 1lxnB MSE 1054 SELENOMETHIONINE 1050 1051 1052 1053 1055 1056 1057 1058 1076 1078 1lxnB MSE 2041 SELENOMETHIONINE 1073 1lxnB MSE 3054 SELENOMETHIONINE 1057 1058 1fhb_ TML 72 METHYL PART OF N-TRIMETHYLLYSINE 72 80 81 82 1fhb_ HEM 104 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE 13 14 16 17 18 28 29 30 32 35 40 41 42 46 48 49 52 59 64 67 68 75 77 78 79 80 81 82 85 94 98 1fhb_ CYN 105 CYANIDE ION 18 67 68 71 80 82 1o2dA MSE 6 SELENOMETHIONINE 4 5 7 8 10 144 164 248 249 1o2dA MSE 76 SELENOMETHIONINE 72 73 74 75 77 78 79 80 81 116 1o2dA MSE 99 SELENOMETHIONINE 92 93 94 95 96 97 98 100 101 102 103 133 134 135 136 140 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FE (III) ION 17 182 281 296 298 1hxpB FE 351 FE (III) ION 53 54 60 61 62 75 76 77 78 79 108 159 160 161 162 166 168 1hxpB U5P 352 URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE 28 1goeA DPN 12 D-PHENYLALANINE 7 8 9 10 11 13 14 16 1goeA AIB 15 ALPHA-AMINOISOBUTYRIC ACID 10 11 13 14 16 17 18 19 20 21 1goeA NH2 42 AMINO GROUP 38 39 40 41 1ogqA NAG 1314 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 2 32 34 35 36 1ogqA NAG 1315 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 86 87 110 111 112 134 135 1ogqA NAG 1316 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 87 1ogqA NAG 1317 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 230 252 253 273 274 276 277 294 296 297 1ogqA ACT 1318 ACETATE ION 59 60 61 62 85 86 87 88 1dxcA HEM 154 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE 32 39 42 43 45 46 64 67 68 71 72 88 89 92 93 97 99 103 104 107 111 138 1dxcA CMO 155 CARBON MONOXIDE 29 43 64 68 93 107 1dxcA SO4 313 SULFATE ION 34 51 52 53 1dxcA SO4 314 SULFATE ION 124 125 126 127 1dxcA SO4 315 SULFATE ION 15 16 1cd9D NAG 923 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 10 25 1jywB 147 2001 1-O-[P-NITROPHENYL]-BETA-D-GALACTOPYRANO 102 103 201 418 460 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ALPHA CHLOROPHYLL A 434 435 438 439 441 442 445 446 449 454 456 1jb0B CL1 1231 ALPHA CHLOROPHYLL A 465 466 469 470 480 481 488 499 503 515 1jb0B CL1 1232 ALPHA CHLOROPHYLL A 480 487 488 491 492 493 494 496 497 499 1jb0B CL1 1233 ALPHA CHLOROPHYLL A 487 492 493 494 1jb0B CL1 1234 ALPHA CHLOROPHYLL A 353 356 375 379 462 463 465 466 467 470 515 516 518 526 529 533 596 599 600 603 604 1jb0B CL1 1235 ALPHA CHLOROPHYLL A 427 428 431 432 458 459 460 461 462 463 518 522 523 526 527 530 534 1jb0B CL1 1236 ALPHA CHLOROPHYLL A 421 424 425 427 428 526 529 530 533 534 537 1jb0B CL1 1237 ALPHA CHLOROPHYLL A 684 687 688 691 694 697 1jb0B CL1 1238 ALPHA CHLOROPHYLL A 17 20 21 681 684 685 688 697 698 699 700 701 703 704 706 1jb0B CL1 1239 ALPHA CHLOROPHYLL A 21 658 661 662 665 668 669 706 714 717 718 721 1jb0B CL1 1502 ALPHA CHLOROPHYLL A 691 692 693 694 696 697 1jb0B CL1 1601 ALPHA CHLOROPHYLL A 153 1jb0B CL1 1701 ALPHA CHLOROPHYLL A 462 1jb0B PQN 2002 PHYLLOQUINONE 21 24 668 669 672 673 674 677 681 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(II) ION 15 107 140 1fnlA HG 2 MERCURY (II) ION 44 49 64 1b5a_ HEM 95 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE 23 25 30 31 32 35 39 40 41 45 46 47 48 49 54 57 58 61 63 64 66 67 70 71 74 1j7xA MSE 75 SELENOMETHIONINE 73 74 76 77 1j7xA MSE 91 SELENOMETHIONINE 86 88 89 90 92 93 94 95 96 1j7xA MSE 225 SELENOMETHIONINE 163 166 208 220 221 222 223 224 226 227 228 229 230 231 233 1j7xA MSE 243 SELENOMETHIONINE 154 216 220 241 242 244 245 262 1jndA NAG 3100 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 136 200 201 202 203 252 257 258 261 1jndA NAG 3101 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 251 252 257 1jndA MAN 3102 ALPHA-D-MANNOSE 251 1jndA MAN 3103 ALPHA-D-MANNOSE 242 244 251 1cksA SO4 300 SULFATE ION 20 50 54 51 11 49 1lukA ACE 3 ACETYL GROUP 4 5 1lukA NH2 112 AMINO GROUP 23 24 110 111 1l3eB ZN 202 ZINC ION 125 126 129 142 144 147 148 151 1l3eB ZN 203 ZINC ION 156 157 160 163 166 167 168 171 172 1l3eB ZN 204 ZINC ION 180 181 184 189 190 191 192 1bz6A HEM 154 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE 32 39 42 43 45 64 67 68 71 72 88 89 92 93 97 99 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ION 280 281 284 302 305 306 1lzjA HG 403 MERCURY (II) ION 281 284 285 288 302 1lzjA HG 404 MERCURY (II) ION 119 121 209 210 211 267 270 1lzjA MN 406 MANGANESE (II) ION 211 213 214 1lzjA BHG 452 2-HEXYLOXY-6-HYDROXYMETHYL-TETRAHYDRO-PY 233 235 236 245 264 266 300 303 329 1lzjA FUC 453 FUCOSE 233 234 235 266 326 329 343 1lzjA UDP 475 URIDINE-5'-DIPHOSPHATE 121 122 123 124 125 126 210 211 212 213 266 1qq9A ZN 901 ZINC ION 85 97 98 131 132 160 161 1qq9A ZN 902 ZINC ION 85 89 97 131 132 246 247 1qq9A MET 903 METHIONINE 85 97 131 132 160 161 172 199 202 203 219 222 246 247 1qq9A CA 905 CALCIUM ION 3 4 5 6 262 266 1e0zA ACE 129 ACETYL GROUP 9 116 118 119 1e0zA FES 130 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 87 100 101 102 103 1ftlA DNQ 365 6,7-DINITROQUINOXALINE-2,3-DIONE 13 16 61 89 90 91 96 174 192 193 195 196 220 1tbo_ ZN 1 ZINC ION 102 103 104 132 134 135 136 137 151 152 1tbo_ ZN 2 ZINC ION 115 117 118 119 120 122 125 139 140 143 1lzkA MSE 17 SELENOMETHIONINE 13 14 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314 342 1ffkW CD 103 CADMIUM ION 42 39 57 60 1n80A CL 1 CHLORIDE ION 102 103 104 105 1n80A CL 3 CHLORIDE ION 19 22 23 26 1n80A CL 4 CHLORIDE ION 64 65 66 109 1n80A CL 5 CHLORIDE ION 22 26 213 1n80A CL 6 CHLORIDE ION 65 68 305 15 132 240 241 243 1n80A CL 7 CHLORIDE ION 201 202 250 1n80A CL 8 CHLORIDE ION 82 83 84 1n80A CL 9 CHLORIDE ION 280 281 282 302 303 304 1n80A CL 10 CHLORIDE ION 14 17 243 245 1a7s_ NAG 401 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 113 114 211 1a7s_ NAG 411 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 5 122 124 143 144 145 1a7s_ NAG 412 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 5 1a7s_ EOH 417 ETHANOL 8 9 10 11 56 57 58 67 104 141 1a7s_ EOH 418 ETHANOL 19 21 22 1a7s_ EOH 419 ETHANOL 12 14 15 124 125 126 177 178 179 180 1a7s_ EOH 420 ETHANOL 156 157 208 1a7s_ EOH 421 ETHANOL 170 171 172 174 175 189 190 191 1a7s_ EOH 422 ETHANOL 19 22 52 54 68 70 1a7s_ EOH 423 ETHANOL 132 135 136 1a7s_ EOH 424 ETHANOL 170 171 172 191 192 196 1a7s_ EOH 425 ETHANOL 153 154 193 200 202 1a7s_ EOH 426 ETHANOL 85 87 155 1a7s_ EOH 428 ETHANOL 68 69 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S-THIOCYSTINE 167 168 169 228 229 231 232 233 234 235 236 257 258 259 1e0cA SO4 372 SULFATE 143 144 145 146 147 1e0cA SO4 373 SULFATE 151 152 260 264 1e0cA EDO 374 ETHANEDIOL 157 158 159 160 163 164 165 188 189 190 1e0cA EDO 375 ETHANEDIOL 45 46 47 51 72 75 76 134 1e0cA MO6 376 MAGNESIUM ION, 6 WATERS COORDINATED 66 70 140 141 1e0cA MO6 377 MAGNESIUM ION, 6 WATERS COORDINATED 170 171 172 194 196 1e0cA MO6 378 MAGNESIUM ION, 6 WATERS COORDINATED 31 32 89 90 94 1pu0D CU1 200 COPPER (I) ION 120 118 46 48 63 1pu0D ZN 201 ZINC ION 80 63 83 136 71 46 72 1pu0D SO4 300 SULFATE ION 128 76 75 1gvnD SO4 603 SULFATE ION 41 42 43 44 45 46 47 1danL CA 2 GAMMA-CARBOXY-GLUTAMIC ACID 46 47 48 49 63 64 65 66 67 1danL CA 3 GAMMA-CARBOXY-GLUTAMIC ACID 2 1danL CA 4 GAMMA-CARBOXY-GLUTAMIC ACID 2 9 11 1danL CA 5 GAMMA-CARBOXY-GLUTAMIC ACID 1 2 1danL CA 6 GAMMA-CARBOXY-GLUTAMIC ACID 1 2 15 1 2 3 4 5 8 9 15 1danL CA 7 GAMMA-CARBOXY-GLUTAMIC ACID 1 2 3 5 8 9 1danL CA 8 GAMMA-CARBOXY-GLUTAMIC ACID 15 1danL CA 9 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217 220 221 255 256 257 258 260 261 262 263 264 287 1dx5L FMT 501 FORMIC ACID 376 357 358 373 386 1dx5L CA 1001 CALCIUM ION 426 439 440 443 444 441 425 423 424 442 412 1dx5L NA 2002 SODIUM ION 376 372 386 357 373 358 1adn_ ZN 93 ZINC ION 36 38 39 41 42 69 71 72 73 1aa0_ CL 484 CHLORIDE ION 422 425 1aa0_ ZN 565 ZINC ION 475 1kq1A ACY 601 ACETIC ACID 42 56 58 1kq1A ACY 605 ACETIC ACID 19 35 37 47 1fyeA CD 1001 CADMIUM ION 223 224 227 1xif_ GLC 389 GLUCOSE 16 54 90 94 135 136 137 181 215 217 220 245 255 287 1xif_ MN 390 MANGANESE (II) ION 217 220 247 255 257 287 1xif_ MN 391 MANGANESE (II) ION 181 217 220 245 287 1ujpA CIT 1001 CITRIC ACID 21 47 62 172 174 175 176 208 209 210 211 227 228 229 230 231 1czj_ HEM 119 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE 3 4 5 6 9 11 28 30 33 34 36 37 38 41 42 51 52 53 54 55 1czj_ HEM 120 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE 41 42 43 44 52 53 54 56 58 59 60 69 74 75 76 78 80 81 84 85 1czj_ HEM 121 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE 11 26 27 28 29 32 33 36 40 41 76 82 83 84 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CA 6492 CALCIUM ION 109 108 107 1m1nB HCA 6494 3-HYDROXY-3-CARBOXY-ADIPIC ACID 105 98 101 1m1nB CLF 6498 FE(8)-S(7) CLUSTER 94 92 95 153 98 93 70 188 99 72 152 151 1m1nB CA 7492 CALCIUM ION 357 353 1vrtA CYA 280 TWO OXYGEN ATOMS BOUND TO SG OF CYS 261 280 281 283 1vrtA NEV 999 NEVIRAPINE 95 100 101 102 103 106 179 180 181 188 189 190 227 229 234 235 236 318 1vrtA MG 1000 MAGNESIUM ION 441 442 443 496 498 536 1mw4A PTR 1139 O-PHOSPHOTYROSINE 22 23 24 25 26 46 47 48 51 56 67 68 69 70 1tyx_ GAL 1 D-GALACTOSE 285 309 311 369 370 1tyx_ MAN 2 ALPHA-D-MANNOSE 285 309 1tyx_ ABE 3 ABEQUOSE 283 285 303 304 307 309 335 337 365 1tyx_ RAM 4 RHAMNOSE 365 369 1tyx_ GAL 5 D-GALACTOSE 236 237 331 332 335 359 363 365 1tyx_ MAN 6 ALPHA-D-MANNOSE 237 359 363 365 366 400 1tyx_ ABE 7 ABEQUOSE 236 237 240 1tyx_ RAM 8 RHAMNOSE 237 359 360 363 366 391 392 395 1c3oC ADP 4023 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE 175 176 174 243 173 129 299 285 177 301 169 298 376 215 167 244 242 241 240 239 208 210 209 207 144 211 1c3oC MN 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(II) ION 98 100 135 255 306 1l9oA NO2 504 NITRITE ION 98 100 135 142 1l9oA NO2 704 NITRITE ION 255 257 302 304 306 308 312 1a31A 5IU 9 5-IODO-2'-DEOXYURIDINE-5'-MONOPHOSPHATE 428 436 439 443 587 1a31A 5IU 10 5-IODO-2'-DEOXYURIDINE-5'-MONOPHOSPHATE 440 443 532 587 591 722 1a31A 5IU 108 5-IODO-2'-DEOXYURIDINE-5'-MONOPHOSPHATE 745 747 748 1a31A 5IU 109 5-IODO-2'-DEOXYURIDINE-5'-MONOPHOSPHATE 349 745 747 1a31A 5IU 110 5-IODO-2'-DEOXYURIDINE-5'-MONOPHOSPHATE 349 354 1a31A PTR 723 PHOSPHOTYROSINE 443 444 488 532 587 590 591 594 595 720 721 722 724 725 1qubA NAG 1431 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 142 143 1qubA NAG 1641 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 164 166 167 168 1qubA NAG 1741 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 172 174 175 176 177 1qubA NAG 1742 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 172 1qubA NAG 2341 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 230 232 234 235 236 237 1qubA NAG 2342 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 232 1din_ CSD 123 3-SULFINOALANINE 36 37 88 121 122 123 124 125 126 127 144 145 146 147 173 202 1k1xB TRS 604 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CA 1006 CALCIUM ION 144 147 149 150 151 157 158 541 560 1n7dA CA 1007 CALCIUM ION 105 107 108 110 112 118 119 1n7dA CA 1008 CALCIUM ION 65 66 67 68 69 70 71 72 73 79 80 1n7dA NAG 2030 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 132 133 134 135 155 156 161 1n7dA NAG 3030 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 248 250 251 252 253 1n7dA KEG 6001 12-TUNGSTOPHOSPHATE 55 56 76 77 92 94 1n7dA KEG 6002 12-TUNGSTOPHOSPHATE 103 104 449 450 451 1n7dA KEG 6003 12-TUNGSTOPHOSPHATE 406 407 426 1o3uA MSE 42 SELENOMETHIONINE 38 39 40 41 43 44 61 62 123 1e0iB MN 901 MN MANGANESE (II) ION 8 10 19 24 32 34 1e0iB CA 902 CA CALCIUM (II) ION 10 12 13 14 19 24 208 228 1njhA MSE 1 SELENOMETHIONINE -1 0 2 3 83 84 85 93 95 1njhA MSE 41 SELENOMETHIONINE 28 29 30 42 43 97 102 103 104 1njhA MSE 94 SELENOMETHIONINE 9 13 67 81 83 84 92 93 95 96 105 106 107 108 109 1njhA IOH 101 2-PROPANOL, ISOPROPANOL 6 58 59 60 61 62 66 1njhA GOL 102 GLYCEROL 60 61 62 66 1ej6C ZN 2000 ZINC ION 183 185 186 187 188 199 203 1f3rB NLE 76 NORLEUCINE 168 170 229 230 231 233 1p3qQ MSE 419 SELENOMETHIONINE 415 416 417 418 420 421 443 1p3qQ MSE 423 SELENOMETHIONINE 420 421 422 424 425 427 428 1m40A CB4 300 PINACOL[[2-AMINO-ALPHA-(1-CARBOXY-1-METH 69 70 71 73 104 105 130 132 166 170 234 235 236 237 238 240 272 1m40A PO4 502 PHOSPHATE ION 161 177 178 1m40A PO4 503 PHOSPHATE ION 271 273 274 277 1m40A K 1000 POTASSIUM ION 26 56 57 58 59 1m40A K 1001 POTASSIUM ION 96 97 98 113 114 1m40A K 1002 POTASSIUM ION 111 112 114 1m40A K 1003 POTASSIUM ION 127 128 210 211 212 213 214 215 217 222 233 234 1f2dA PLP 342 PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE 50 295 51 323 199 296 324 325 79 292 83 54 202 201 205 200 203 204 166 206 1f2dA SO4 940 SULFATE ION 51 80 79 295 78 269 164 73 81 74 102 75 202 77 1ggxB CRQ 68 [2-(3-CARBAMOYL-1-IMINO-PROPYL)-4-(4-HYD 63 69 62 65 64 215 199 42 213 44 70 95 93 197 146 163 161 177 198 145 144 214 120 109 111 43 1k2fA BME 550 BETA-MERCAPTOETHANOL 130 131 148 152 155 179 190 1k2fA BME 552 BETA-MERCAPTOETHANOL 220 221 222 239 281 282 1k2fA BME 553 BETA-MERCAPTOETHANOL 231 232 233 1k2fA ZN 601 ZINC ION 128 130 135 137 147 152 1k2fA ZN 603 ZINC ION 198 200 202 204 1k2fA ZN 604 ZINC ION 230 269 1k2fA ZN 605 ZINC ION 98 100 105 107 117 121 1nrwA MSE 1 SELENOMETHIONINE 2 3 4 35 230 231 232 233 250 285 1nrwA MSE 49 SELENOMETHIONINE 45 46 47 48 50 51 52 53 54 61 1nrwA MSE 244 SELENOMETHIONINE 5 6 7 40 214 215 218 234 235 236 241 242 243 245 246 247 248 1nrwA MSE 254 SELENOMETHIONINE 10 11 235 236 237 252 253 255 256 257 262 268 269 270 271 272 276 277 1nrwA MSE 280 SELENOMETHIONINE 4 6 235 252 269 276 277 278 279 282 283 284 285 1nrwA MSE 281 SELENOMETHIONINE 4 26 30 276 277 278 279 282 283 284 285 1nrwA PO4 900 PHOSPHATE ION 7 8 9 40 41 42 43 125 200 214 237 238 240 241 1nrwA PO4 901 PHOSPHATE ION 282 283 1nrwA CA 903 CALCIUM ION 7 9 10 11 237 238 240 241 1g71B ZN 340 ZINC ION 104 106 108 112 113 114 116 117 1g71B CL 341 CHLORIDE ION 41 47 48 1g71B CL 342 CHLORIDE ION 85 86 87 1g71B CL 345 CHLORIDE ION 219 220 223 229 1g71B CL 346 CHLORIDE ION 41 1g71B SO4 348 SULFATE ION 72 97 99 148 292 298 1g71B SO4 350 SULFATE ION 99 111 148 300 1mx8A RTL 135 RETINOL 16 19 20 23 25 29 32 33 36 38 40 51 53 55 57 58 60 62 64 74 76 77 84 106 119 128 1qmhA CIT 401 CITRIC ACID 14 16 17 18 21 40 43 49 51 52 101 42 1o1sB ZN 1001 ZINC ION 297 299 352 361 362 1o1sB 1NH 2001 (2E,6E)-8-[(3-BENZOYLBENZYL)OXY]-3,7-DIM 102 149 151 154 193 202 205 206 248 250 251 254 290 291 294 295 297 300 303 361 1kqrA MNA 1000 2-O-METHYL-5-N-ACETYL-ALPHA-D- NEURAMINI 101 144 146 155 156 187 188 189 190 1kqrA SO4 3000 SULFATE ION 133 134 135 136 137 159 180 1kqrA GOL 4000 GLYCEROL 81 168 170 175 186 210 213 1fpqA MSE 29 SELENOMETHIONINE 25 26 27 28 30 31 32 33 307 321 362 364 1fpqA MSE 63 SELENOMETHIONINE 52 53 56 61 62 64 65 67 68 71 112 113 114 1fpqA MSE 88 SELENOMETHIONINE 40 43 47 49 84 85 86 87 89 90 91 92 327 1fpqA MSE 118 SELENOMETHIONINE 116 117 119 120 121 122 1fpqA MSE 149 SELENOMETHIONINE 145 146 147 148 150 151 1fpqA MSE 181 SELENOMETHIONINE 180 182 183 184 185 186 1fpqA MSE 189 SELENOMETHIONINE 185 186 187 188 190 191 192 193 1fpqA MSE 197 SELENOMETHIONINE 192 193 194 195 196 198 199 201 223 226 227 274 1fpqA MSE 200 SELENOMETHIONINE 196 198 199 201 202 203 204 207 272 305 361 367 1fpqA MSE 261 SELENOMETHIONINE 216 239 259 260 262 263 264 265 276 280 287 288 291 1fpqA MSE 271 SELENOMETHIONINE 213 214 216 265 266 267 268 269 270 272 273 292 295 296 301 302 303 1fpqA MSE 329 SELENOMETHIONINE 87 278 279 325 326 327 328 330 331 332 333 334 335 336 337 1fpqA MSE 368 SELENOMETHIONINE 302 303 304 305 306 308 343 355 356 357 358 366 367 369 370 1fpqA SAM 1699 S-ADENOSYLMETHIONINE 193 217 219 223 239 240 241 244 259 260 262 274 275 276 279 280 1c2pB MSE 36 SELENOMETHIONINE 33 34 35 37 38 145 146 147 491 492 1c2pB MSE 71 SELENOMETHIONINE 67 68 69 70 72 73 74 75 186 239 293 296 297 1c2pB MSE 139 SELENOMETHIONINE 11 12 14 137 138 140 141 158 159 160 162 269 1c2pB MSE 173 SELENOMETHIONINE 81 82 83 84 85 88 119 123 166 169 170 171 172 174 175 176 1c2pB MSE 187 SELENOMETHIONINE 183 184 185 186 188 189 190 191 292 293 296 315 1c2pB MSE 215 SELENOMETHIONINE 208 213 214 216 217 322 323 324 325 326 332 336 356 357 358 1c2pB MSE 313 SELENOMETHIONINE 189 190 203 296 299 300 303 311 312 314 315 320 321 322 1c2pB MSE 343 SELENOMETHIONINE 219 221 295 298 299 302 320 339 340 341 342 344 345 346 347 348 349 1c2pB MSE 414 SELENOMETHIONINE 197 410 411 412 413 415 416 417 447 448 467 551 1c2pB MSE 423 SELENOMETHIONINE 418 419 420 421 422 424 425 427 497 500 501 528 1c2pB MSE 426 SELENOMETHIONINE 412 421 422 424 425 427 428 429 430 431 525 526 528 1g6oB MSE 42 SELENOMETHIONINE 38 39 40 41 43 44 45 58 68 1g6oB MSE 82 SELENOMETHIONINE 77 78 79 80 81 83 84 85 86 87 98 118 128 1g6oB MSE 192 SELENOMETHIONINE 188 189 190 191 193 194 195 201 210 211 212 214 215 245 269 1g6oB MSE 239 SELENOMETHIONINE 47 49 115 117 129 131 200 202 219 221 235 236 237 238 240 241 1g6oB MSE 287 SELENOMETHIONINE 249 250 251 252 254 255 272 283 284 285 286 288 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CD 107 CADMIUM ION 8 14 15 16 17 34 35 1jlfB NVP 999 11-CYCLOPROPYL-5,11-DIHYDRO-4-METHYL-6H- 138 1jj2D NA 8351 MAGNESIUM ION 51 53 1jj2D CL 8507 CHLORIDE ION 146 1l9qB CU 501 COPPER (II) ION 62 94 95 96 136 138 145 150 1l9qB CU 502 COPPER (II) ION 255 257 306 308 98 100 135 1l9qB NO2 504 NITRITE ION 255 257 304 306 308 1l9qB NO2 604 NITRITE ION 98 100 135 1kw4A MSE 61 SELENOMETHIONINE 38 39 42 44 52 56 57 58 59 60 62 1kw4A MSE 63 SELENOMETHIONINE 35 39 57 58 62 64 65 67 68 71 1npsA CA 90 CALCIUM ION 6 7 8 37 38 39 75 76 1npsA CA 145 CALCIUM ION 35 36 53 54 77 78 79 1pb8A DSN 901 D-SERINE 92 124 125 126 131 146 179 180 181 223 224 250 1k73K MG 8107 MAGNESIUM ION 28 1k73K NA 8346 ANISOMYCIN 62 64 63 69 61 70 71 60 1k73K NA 8355 ANISOMYCIN 47 46 1k73K CL 8501 CHLORIDE ION 128 127 126 125 1k73K CL 8502 CHLORIDE ION 89 88 87 90 91 1k73K CL 8516 CHLORIDE ION 56 52 1k73K CL 8521 CHLORIDE ION 64 65 63 69 68 1lrrD CH3 6 METHYL GROUP 151 150 152 1kx9B ACT 402 ACETATE ION 52 89 91 92 93 94 1o8kA CA 1353 CALCIUM ION 129 131 134 166 167 170 1korA ANP 510 PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ES 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 16 31 32 33 35 37 92 95 112 113 114 115 121 125 173 174 175 1korA ARG 520 ARGININE 84 88 89 92 120 121 124 173 174 175 182 184 258 270 310 1korA SIN 530 SUCCINIC ACID 114 115 116 118 119 120 121 122 124 184 260 1lwdB MN 501 MANGANESE (II) ION 212 252 1lwdB MN 502 MANGANESE (II) ION 110 133 275 279 1lwdB SO4 601 SULFATE ION 314 315 374 1lwdB SO4 602 SULFATE ION 149 1lwdB ICT 701 ISOCITRIC ACID 212 214 215 252 1lwdB ICT 702 ISOCITRIC ACID 78 95 96 97 98 101 110 133 140 275 306 308 1oa0B SF4 1544 IRON/SULFUR CLUSTER 4 6 7 8 9 11 12 18 22 23 24 26 75 1oa0B SF3 1545 FE4-S3 CLUSTER 240 263 264 288 307 308 398 399 400 426 427 452 486 487 489 1al3_ SO4 500 SULFATE ION 100 102 103 147 148 149 150 166 202 246 270 1io4D AU 200 GOLD ION 24 111 112 122 123 124 126 1io4D AU 201 GOLD ION 45 48 88 95 116 1oqvA GOL 600 GLYCEROL 51 52 55 56 57 100 106 199 1oqoB NAG 1 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383 384 457 511 513 520 523 1o8aA CL 703 CHLORIDE ION 182 186 485 486 489 507 1o8aA CL 704 CHLORIDE ION 223 224 407 519 520 521 522 1kvkA ATP 535 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE 13 53 55 56 104 105 106 108 133 134 135 139 140 141 142 143 144 145 146 147 149 196 197 204 1kvkA MG 536 MAGNESIUM ION 144 145 146 147 193 197 204 1moeA SO4 302 SULFATE ION 41 43 46 49 85 1k8vA NH2 40 AMINO GROUP 38 39 1g55A CEA 140 S-HYDROXY-CYSTEINE 106 107 112 135 136 137 138 139 141 142 169 1g55A CEA 287 S-HYDROXY-CYSTEINE 157 251 252 253 283 284 285 286 288 289 1g55A SAH 392 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE 10 11 12 13 14 15 16 33 34 35 36 39 55 56 57 58 76 78 98 119 354 372 375 376 377 1g55A BME 395 BETA-MERCAPTOETHANOL 21 22 23 24 1g55A CRY 397 PROPANE-1,2,3-TRIOL 279 280 281 291 301 302 303 304 305 306 307 1g55A SO4 399 SULFATE ION 60 61 62 63 101 104 105 108 1ak0_ ZN 271 ZINC ION 6 45 48 60 116 120 126 1ak0_ ZN 272 ZINC ION 1 123 126 149 153 1ak0_ ZN 273 ZINC ION 1 2 6 45 116 120 126 153 1ak0_ ZN 274 ZINC ION 15 16 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(II) ION 407 442 444 603 1ksiA MN 653 MANGANESE (II) ION 48 451 452 453 457 459 592 593 594 1ksiA NAG 655 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 131 133 134 1ksiA NAG 656 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 131 134 1ksiA NAG 657 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 558 560 561 584 586 1p2fA MSE 1 SELENOMETHIONINE 3 4 45 1p2fA MSE 2 SELENOMETHIONINE 3 4 25 26 27 45 1p2fA MSE 52 SELENOMETHIONINE 10 50 51 53 54 56 58 77 1p2fA MSE 64 SELENOMETHIONINE 38 56 60 61 62 63 65 66 67 68 69 1p2fA MSE 214 SELENOMETHIONINE 162 163 164 165 204 205 206 208 212 213 215 216 1skz_ CL 201 CHLORIDE ION 45 100 1ktgB PO4 401 PHOSPHATE ION 36 37 38 52 56 83 103 1ktgB MG 601 MAGNESIUM ION 52 103 1ktgB MG 602 MAGNESIUM ION 27 36 37 52 56 103 104 1ktgB MG 603 MAGNESIUM ION 36 37 52 55 56 103 1ktgB MG 604 MAGNESIUM ION 37 38 40 51 52 55 103 1ktgB OH 605 HYDROXIDE ION 51 52 55 56 103 1j77A HEM 300 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE 12 16 23 26 27 30 31 49 52 112 113 116 117 119 120 123 124 153 181 184 1oydA DEQ 4001 DEQUALINIUM 99 1m7vA HEM 901 PROTOPORPHYRIN 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SULFATE ION 21 1gg6B SO4 307 SULFATE ION 130 131 132 1gg6B EDO 310 1,2-ETHANEDIOL 97 98 99 1gg6B EDO 311 1,2-ETHANEDIOL 122 1gg6B EDO 312 1,2-ETHANEDIOL 47 48 123 1gg6B EDO 313 1,2-ETHANEDIOL 96 97 98 99 1mlyA NA 702 CIS-AMICLENOMYCIN 95 96 97 99 100 101 102 103 104 287 1mlyA PLP 730 PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE 53 111 112 113 116 144 145 146 211 245 247 248 274 1mlyA ACZ 731 CIS-AMICLENOMYCIN 52 53 144 217 274 376 391 393 398 1mlyA PLP 830 PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE 110 307 308 309 310 1mlyA ACZ 831 CIS-AMICLENOMYCIN 307 308 309 1gk4A ACT 1407 ACETATE ION 380 383 1mmd_ MG 998 MAGNESIUM ION 185 186 233 235 236 237 454 1mmd_ ADP 999 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE 115 116 127 128 129 130 131 135 180 181 182 183 184 185 186 187 188 233 235 237 454 1mmd_ BEF 1000 BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION 180 181 182 185 186 233 235 236 237 238 456 1pov0 MYR 1 MYRISTIC ACID 2 3 30 32 1m6eX LU 999 LUTETIUM (III) ION 33 37 76 79 1m6eX SAL 2000 2-HYDROXYBENZOIC ACID 10 25 147 150 151 210 225 226 255 308 311 347 1m6eX SAH 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1-[2,6,10.14-TETRAMETHYL-HEXADECAN-16-YL 21 24 25 28 40 43 44 47 48 51 54 1m0lA LI1 613 1-[2,6,10.14-TETRAMETHYL-HEXADECAN-16-YL 87 88 91 92 95 108 112 1m0lA SQU 701 2,10,23-TRIMETHYL-TETRACOSANE 19 22 23 26 210 213 214 217 218 221 1k3bB CL 500 CHLORIDE ION 278 279 280 323 1k3bB SO4 501 SULFATE ION 227 1k3bB SO4 502 SULFATE ION 225 226 227 237 300 1k3bB NAG 504 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 370 1tdj_ PLP 962 PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE 60 61 62 89 156 157 166 186 187 188 189 190 191 192 193 241 242 244 286 288 289 315 316 317 1m5xB CA 801 CALCIUM ION 221 222 1m5xB CA 802 CALCIUM ION 220 221 222 1m5xB CA 803 CALCIUM ION 222 250 1ntvA PO4 200 PHOSPHATE ION 45 76 80 81 82 1qatB SM 1002 SAMARIUM (III) ION 651 652 653 677 707 708 1qatB SM 1003 SAMARIUM (III) ION 651 652 653 706 707 708 1qatB SM 1005 SAMARIUM (III) ION 311 312 314 341 343 390 1d2zB EPE 300 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESU 95 96 99 103 112 115 116 1f6uA NH2 100 AMINO GROUP 54 55 1f6uA ZN 128 ZINC ION 15 17 18 19 20 23 24 25 28 29 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354 355 386 387 388 389 399 402 403 404 405 406 408 1nuyA PI 2338 HYDROGENPHOSPHATE ION 1025 1026 1027 1028 1029 1030 1031 1112 1113 1140 1nuyA F6P 2339 FRUCTOSE-6-PHOSPHATE 1068 1118 1121 1122 1123 1124 1212 1215 1244 1246 1247 1248 1249 1262 1264 1274 1275 1276 1280 1nuyA PI 2340 HYDROGENPHOSPHATE ION 1068 1074 1097 1098 1118 1120 1121 1122 1123 1124 1276 1280 1nuyA MG 2341 MAGNESIUM ION 1074 1097 1098 1118 1119 1120 1121 1276 1nuyA MG 2342 MAGNESIUM ION 1097 1118 1120 1121 1122 1135 1276 1280 1nuyA MG 2343 MAGNESIUM ION 1064 1068 1074 1097 1098 1123 1276 1qhvA SUL 401 SULFATE ANION 395 397 481 482 483 1qhvA SUL 402 SULFATE ANION 398 1i9zA CA 301 CALCIUM ION 566 568 597 600 838 839 1i9zA 2IP 302 D-MYO-INOSITOL-1,4-BISPHOSPHATE 702 703 704 705 706 744 794 795 810 838 1dipA ACE 0 ACETYL GROUP 1 2 1bxeA MSE 1 SELENOMETHIONINE 2 3 62 107 108 109 1bxeA MSE 64 SELENOMETHIONINE 2 3 58 59 62 63 65 66 69 107 108 109 1bxeA CL 901 CHLORIDE ION 18 21 25 74 75 76 1bxeA CL 902 CHLORIDE ION 18 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151 SELENOMETHIONINE 43 44 126 130 135 144 145 146 149 150 152 153 160 162 163 1ouoA MSE 161 SELENOMETHIONINE 136 137 138 150 152 153 159 160 162 163 167 1ouoA MSE 177 SELENOMETHIONINE 82 87 115 118 173 174 175 176 178 179 180 181 182 183 1ouoA MSE 193 SELENOMETHIONINE 135 170 171 174 175 185 188 189 190 191 192 194 195 196 197 1ouoA MG 494 MAGNESIUM ION 78 79 80 127 130 131 1i3aA NCO 300 COBALT HEXAMMINE ION 6 7 8 39 101 127 129 139 143 1id8A FOP 138 2-HYDROXY-PROPYL-AMMONIUM 13 14 63 95 1id8A DBI 139 PHOSPHORIC ACID MONO-[5-(5,6-DIMETHYL-BE 11 14 18 19 23 59 60 61 62 63 89 90 91 92 95 117 118 119 120 121 122 123 125 126 1k04A CL 200 CHLORIDE ION 913 914 919 925 1m33A MSE 64 SELENOMETHIONINE 47 48 50 59 60 61 62 63 65 66 67 68 83 87 182 1m33A MSE 149 SELENOMETHIONINE 145 146 147 148 150 151 154 206 234 1m33A MSE 170 SELENOMETHIONINE 54 136 137 140 165 166 168 169 171 172 176 1m33A MSE 197 SELENOMETHIONINE 92 96 99 100 101 102 195 196 198 199 224 1m33A MSE 217 SELENOMETHIONINE 116 117 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SULFATE ION 54 55 56 57 58 1l7iL SO4 402 SULFATE ION 58 59 60 61 1p4mA MG 201 MAGNESIUM ION 27 33 34 35 36 86 1p4mA ADP 301 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE 19 20 21 22 23 26 27 28 29 32 33 34 35 36 87 88 89 90 91 93 95 96 97 98 1p4mA FMN 401 FLAVIN MONONUCLEOTIDE 23 24 25 26 27 29 30 32 34 53 69 71 86 88 111 112 113 114 115 116 122 126 129 1l3vA SUC 901 SUCROSE 325 326 327 371 372 374 375 395 408 409 605 607 608 609 619 620 1l3vA SUC 902 SUCROSE 750 751 754 755 758 776 784 788 1l3vA SO4 910 SULFATE ION 656 682 702 706 1l3vA SO4 911 SULFATE ION 817 819 1l3vA SO4 912 SULFATE ION 298 299 300 343 1l3vA MG 920 MAGNESIUM ION 653 654 655 830 1ucyE OPR 16 C-(3-OXOPROPYL)ARGININE 189 190 191 192 193 194 195 213 214 215 216 217 219 220 226 227 228 1jz7D CEA 247 S-HYDROXY-CYSTEINE 246 245 223 221 248 219 220 249 1jz7D GAL 2001 D-GALACTOSE 999 503 502 537 461 391 568 460 201 604 540 102 418 357 416 601 1jz7D GAL 2002 D-GALACTOSE 724 721 693 942 695 915 659 940 692 1013 874 1jz7D MG 3001 MAGNESIUM ION 102 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271 SULFATE ION 5 50 51 55 193 1mowA SO4 272 SULFATE ION 43 44 45 46 47 78 1mowA SO4 275 SULFATE ION 64 65 66 67 84 86 1mowA SO4 276 SULFATE ION 64 66 1mowA SO4 277 SULFATE ION 243 246 1mowA SO4 280 SULFATE ION 50 51 197 1mowA MG 371 MAGNESIUM ION 21 42 115 116 117 1mowA MG 372 MAGNESIUM ION 20 21 116 117 1mowA MG 373 MAGNESIUM ION 19 20 21 117 144 1mowA GOL 765 GLYCEROL 19 22 23 24 25 95 148 1mowA GOL 767 GLYCEROL 5 6 9 10 13 55 108 111 191 192 193 1mowA GOL 768 GLYCEROL 250 251 252 1mowA GOL 769 GLYCEROL 129 1mowA GOL 770 GLYCEROL 177 178 179 180 1mowA GOL 772 GLYCEROL 53 57 69 70 71 1mowA GOL 773 GLYCEROL 5 10 51 54 55 58 1jer_ CU 110 COPPER (II) ION 15 45 46 47 89 91 94 99 1m0vA PTR 204 O-PHOSPHOTYROSINE 26 28 29 30 31 32 1m0vA NH2 209 AMINO GROUP 11 14 15 30 31 32 1mqwA ADV 301 ALPHA-BETA METHYLENE ADP-RIBOSE 18 19 62 64 76 77 78 80 92 93 97 139 140 141 142 1mqwA MN 401 MANGANESE (II) ION 62 76 77 93 97 142 1mqwA MN 402 MANGANESE (II) ION 76 77 93 96 97 142 1mqwA MN 403 MANGANESE (II) ION 77 78 80 92 93 142 1gmmA SO4 1130 SULFATE ION 90 91 92 93 94 1gmmA NA 1131 SULFATE ION 33 34 35 92 118 119 120 1gmmA CA 1132 CALCIUM ION 8 9 10 25 30 31 122 123 1o9sA MLZ 4 N-METHYL-LYSINE 245 264 265 266 267 268 293 295 305 335 336 337 1o9sA SAH 1367 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE 223 224 225 226 227 228 229 264 265 293 294 295 296 297 335 352 356 1ph9A CL 1005 CHLORIDE ION 484 483 482 481 1k12A FUC 159 FUCOSE 23 27 45 46 52 79 81 82 83 86 144 1k12A CA 160 CALCIUM ION 35 36 37 38 40 41 49 50 146 147 1k12A CL 301 CHLORIDE ION 15 16 1dd1B SO4 404 SULFATE ION 507 513 514 515 1dd1B SO4 405 SULFATE ION 416 442 445 446 1dd1B SO4 406 SULFATE ION 497 502 519 1dd1B SO4 407 SULFATE ION 369 370 1dd1B SO4 408 SULFATE ION 367 368 369 370 372 1ilxC CLA 21 CHLOROPHYLL A 8 1ilxC CLA 23 CHLOROPHYLL A 96 1ilxC CLA 25 CHLOROPHYLL A 111 99 103 1ilxC CLA 28 CHLOROPHYLL A 142 119 122 1ilxC CLA 29 CHLOROPHYLL A 45 49 1ilxC CLA 30 CHLOROPHYLL A 149 1ilxC CLA 31 CHLOROPHYLL A 114 48 110 1ilxC CLA 32 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30 31 32 33 1h12A XYP 501 BETA-D-XYLOPYRANOSE 283 327 337 339 341 342 378 382 1h12A XYS 502 XYLOPYRANOSE 283 327 337 339 341 342 378 382 1jslD DDO 2402 6-HYDROXY-D-NORLEUCINE 254 1jslD DDO 2404 6-HYDROXY-D-NORLEUCINE 96 63 62 15 61 31 95 94 29 14 120 121 168 122 97 60 1jslD GOL 2602 GLYCEROL 314 313 315 316 1ft9A HEM 300 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE 44 73 74 75 77 78 95 98 99 102 112 115 116 2 3 4 110 120 121 124 1lzoB PGA 7251 2-PHOSPHOGLYCOLIC ACID 10 12 95 96 97 209 210 211 212 230 231 232 233 234 1iw0C HEM 903 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE 609 613 620 623 624 629 633 730 731 732 734 735 738 739 742 743 777 801 804 805 808 1iw0C SO4 905 SULFATE ION 682 685 686 689 759 764 1iw0C SO4 909 SULFATE ION 770 773 774 777 1iw0C SO4 910 SULFATE ION 667 668 669 670 671 783 1h0cA PLP 1391 PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE 28 81 82 83 108 154 156 157 158 183 185 186 204 208 209 1h0cA AOA 1392 (AMINOOXY)ACETIC ACID 28 29 30 108 158 209 348 351 360 1h0cA GOL 1393 GLYCEROL 332 333 336 337 340 1h0cA GOL 1394 GLYCEROL 23 24 343 344 345 375 1h0cA GOL 1395 GLYCEROL 289 290 293 294 368 369 370 371 1h0cA GOL 1396 GLYCEROL 17 18 19 1h0cA GOL 1397 GLYCEROL 107 110 111 114 1h0cA GOL 1398 GLYCEROL 34 278 366 1iraY NAG 401 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 97 100 102 104 107 171 172 173 194 195 1iraY NAG 402 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 213 302 303 304 1iraY NAG 403 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 209 227 229 259 271 273 1iraY NAG 404 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 242 243 245 287 288 1fd4F SO4 808 SULFATE ION 40 24 23 1aod_ INS 295 1,2,3,4,5,6-HEXAHYDROXY-CYCLOHEXANE 45 84 124 126 177 204 206 236 238 1m4oA NI2 180 NICKEL (II) ION, 2 WATERS COORDINATED 92 96 98 102 104 140 141 142 1ckmB GTP 999 GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE 59 60 61 80 81 82 83 86 87 106 131 146 188 190 213 216 228 232 234 236 244 295 298 302 1m0tA SO4 504 SULFATE ION 128 130 148 151 152 153 154 467 1m0tA SO4 505 SULFATE ION 366 1m0tA SO4 506 SULFATE ION 25 160 236 239 1b7eA TPT 480 2,2' 394 398 399 402 403 406 420 424 1b7eA TPT 481 2,2' 190 212 213 214 1fqiA MSE 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1601 D-MYO-INOSITOL-1,4,5-TRIPHOSPHATE 1059 1oqnB I3P 1602 D-MYO-INOSITOL-1,4,5-TRIPHOSPHATE 1045 1076 1080 1081 1082 1084 1124 1142 1b9iA PXG 389 PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE-GABACULIN EXTERNA 61 62 63 64 66 87 88 90 91 133 159 161 162 183 184 185 188 194 195 291 323 361 1m60A HES 105 ZINC SUBSTITUTED HEME C 9 10 13 14 15 16 17 18 28 29 30 32 35 39 40 41 46 47 48 49 50 52 53 59 64 67 68 75 78 79 80 81 82 85 94 95 98 1gcyA CA 451 CALCIUM ION 116 137 151 153 154 155 162 163 197 198 1gcyA CA 452 CALCIUM ION 1 2 3 13 14 15 16 17 108 1o75B PDX 1414 2,3-DI-O-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSE 88 287 288 289 290 291 293 1o75B XE 1415 XENON 229 231 260 296 297 298 315 331 1o75B XE 1416 XENON 54 72 73 74 104 149 150 151 1o75B PDX 1417 2,3-DI-O-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSE 234 291 293 81 82 83 93 1igtB NAG 1 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 248 277 278 313 314 317 318 320 1igtB FUC 2 FUCOSE 313 1igtB NAG 3 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 252 254 275 277 278 313 320 1igtB MAN 4 ALPHA-D-MANNOSE 254 256 1igtB MAN 5 ALPHA-D-MANNOSE 256 275 320 1igtB NAG 6 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 256 257 259 273 275 322 1igtB GAL 7 D-GALACTOSE 256 257 258 259 262 269 270 271 272 273 1igtB MAN 8 ALPHA-D-MANNOSE 254 1igtB NAG 9 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 253 254 255 353 1b1bA ZN 301 ZINC ION 79 83 98 130 1b1bA ZN 302 ZINC ION 3 4 5 10 13 102 103 105 106 1b1bA SO4 303 SULFATE ION 13 17 20 76 79 80 83 98 126 130 1fe1D CLA 36 CHLOROPHYLL A 92 1fe1D CLA 37 CHLOROPHYLL A 99 111 1fe1D CLA 39 CHLOROPHYLL A 30 31 27 1fe1D CLA 40 CHLOROPHYLL A 142 122 1fe1D CLA 42 CHLOROPHYLL A 91 88 1fe1D CLA 43 CHLOROPHYLL A 113 1fe1D CLA 44 CHLOROPHYLL A 100 1fe1D CLA 45 CHLOROPHYLL A 22 25 1fe1D CLA 46 CHLOROPHYLL A 42 45 1fe1D CLA 47 CHLOROPHYLL A 149 148 1fe1D CLA 48 CHLOROPHYLL A 114 110 113 41 1g4yR CA 1001 CALCIUM ION 20 21 22 23 24 25 26 27 31 1g4yR CA 1002 CALCIUM ION 55 56 57 58 59 60 61 62 63 67 1njiK MG 8107 MAGNESIUM ION 28 1njiK NA 8346 MAGNESIUM ION 64 62 63 61 69 70 71 60 1njiK NA 8355 MAGNESIUM ION 47 46 1njiK CL 8501 CHLORIDE ION 128 127 126 125 1njiK CL 8502 CHLORIDE ION 89 88 87 90 91 1njiK CL 8516 CHLORIDE ION 52 56 1njiK CL 8521 CHLORIDE ION 64 65 69 63 68 1lshA PCA 17 PYROGLUTAMIC ACID 18 19 24 105 106 107 108 223 224 225 226 1lshA PLD 2001 DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE 187 189 192 193 194 195 196 197 207 208 238 240 241 248 444 445 524 666 667 669 805 807 819 820 821 869 871 872 873 884 885 886 888 1041 1044 1lshA PLD 2002 DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE 240 241 631 636 638 639 640 664 665 666 667 669 670 671 673 888 1040 1044 1lshA PLD 2003 DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE 592 629 1lshA PLD 2004 DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE 619 620 621 623 625 626 627 629 642 643 644 646 660 661 662 674 675 676 1lshA PLD 2005 DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE 190 191 192 194 392 396 397 400 401 430 434 437 441 745 746 748 749 750 751 798 800 801 802 804 827 865 867 1lshA PLD 2006 DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE 393 794 796 829 830 831 861 862 863 894 895 896 1lshA PLD 2007 DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE 671 672 673 674 676 743 745 746 750 751 802 803 821 823 1lshA UPL 2008 UNKNOWN BRANCHED FRAGMENT OF PHOSPHOLIPI 865 867 888 890 925 1048 1lshA UPL 2009 UNKNOWN BRANCHED FRAGMENT OF PHOSPHOLIPI 592 594 629 630 631 640 641 642 662 1lshA UPL 2011 UNKNOWN BRANCHED FRAGMENT OF PHOSPHOLIPI 658 659 660 676 677 678 741 742 743 751 752 753 1lshA UPL 2012 UNKNOWN BRANCHED FRAGMENT OF PHOSPHOLIPI 894 916 922 1024 1052 1054 1lshA UPL 2013 UNKNOWN BRANCHED FRAGMENT OF PHOSPHOLIPI 792 794 831 833 859 861 896 900 911 913 1066 1lshA UPL 2014 UNKNOWN BRANCHED FRAGMENT OF PHOSPHOLIPI 28 30 46 47 48 49 50 71 72 86 90 93 120 122 126 813 815 877 878 879 880 1lshA UPL 2015 UNKNOWN BRANCHED FRAGMENT OF PHOSPHOLIPI 1016 1017 1019 1020 1lshA UPL 2016 UNKNOWN BRANCHED FRAGMENT OF PHOSPHOLIPI 1066 1lshA UPL 2017 UNKNOWN BRANCHED FRAGMENT OF PHOSPHOLIPI 784 788 792 833 857 900 902 909 1lshA UPL 2018 UNKNOWN BRANCHED FRAGMENT OF PHOSPHOLIPI 827 829 863 1lshA UPL 2019 UNKNOWN BRANCHED FRAGMENT OF PHOSPHOLIPI 827 829 863 864 865 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NI 1731 FE4-NI-S4 CLUSTER 146 149 229 509 595 596 597 1oaoC NI 1732 FE4-NI-S4 CLUSTER 229 527 594 595 596 597 598 1oaoC ACT 1733 ACETATE ION 145 146 149 229 509 512 513 595 596 597 1oaoC SO4 1734 SULFATE ION 617 618 619 620 1oaoC SO4 1735 SULFATE ION 143 599 616 617 649 1oaoC GOL 1736 GLYCEROL 572 577 1oaoC GOL 1737 GLYCEROL 553 554 555 556 1oaoC SO4 1738 SULFATE ION 68 69 85 86 89 104 108 237 1oaoC GOL 1739 GLYCEROL 59 60 61 66 72 234 630 633 634 1oaoC SO4 1740 SULFATE ION 12 17 22 95 96 97 1oaoC GOL 1741 GLYCEROL 1 5 8 9 96 97 100 1oaoC SO4 1742 SULFATE ION 333 334 335 429 1oaoC GOL 1743 GLYCEROL 499 500 501 502 504 533 537 1ad2_ MPD 700 2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL 64 66 67 68 72 111 174 175 176 177 180 188 1ad2_ SO4 800 SULFATE ION 59 60 61 199 1ad2_ SO4 801 SULFATE ION 65 66 67 71 184 1ad2_ SO4 803 SULFATE ION 141 164 165 166 167 1ad2_ HG 900 MERCURY (II) ION 42 172 1jmmA MSE 571 SELENOMETHIONINE 519 520 521 527 569 570 572 573 596 1jmmA MSE 707 SELENOMETHIONINE 671 698 705 706 708 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MAGNESIUM ION 314 351 352 355 504 507 509 1n24A BP2 801 (+)-BORNYL DIPHOSPHATE 314 323 344 347 348 351 355 426 429 451 452 453 457 492 493 496 497 500 504 507 509 512 572 578 1ljoA CD 76 CADMIUM ION 23 1ljoA ACY 201 ACETIC ACID 26 27 28 51 52 1ljoA ACY 202 ACETIC ACID 55 56 57 58 1ljoA ACY 203 ACETIC ACID 59 60 61 1oo4A PTR 185 O-PHOSPHOTYROSINE 19 20 38 39 40 41 42 49 51 53 60 1cs0G ADP 5071 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE 129 173 299 176 243 174 175 285 177 301 169 298 376 215 167 242 244 240 241 239 210 208 207 209 144 211 1cs0G MN 5072 MANGANESE (II) ION 129 173 299 127 174 301 285 175 303 1cs0G MN 5073 MANGANESE (II) ION 299 243 301 285 244 1cs0G K 5074 POTASSIUM ION 240 241 242 239 215 243 238 244 236 247 1cs0G K 5075 POTASSIUM ION 129 299 127 126 301 300 302 1cs0G PI 5076 HYDROGENPHOSPHATE ION 174 301 299 285 243 175 303 306 305 244 283 176 1cs0G ADP 5077 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE 788 725 841 829 715 840 909 789 761 786 787 785 784 713 755 756 754 690 753 1cs0G MN 5078 MANGANESE (II) 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ACID 59 62 63 66 1favA 4BA 124 4-[(2-CARBOXY-ETHYLAMINO)-METHYL]-BENZOI 63 1bc8C ZN 1 ZINC ION 89 92 1n4gA HEM 462 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE 62 85 86 102 146 230 233 234 237 238 241 274 277 279 280 284 286 309 336 337 338 339 342 343 344 345 346 347 350 351 1n4gA PYZ 600 4-IODOPYRAZOLE 77 78 167 168 182 228 229 232 233 1mywA CR2 66 [2-(METHYLENEAMINE)-4-(4-HYDROXY-BENZYLI 44 60 61 62 63 64 68 69 92 94 96 112 121 145 146 147 148 150 165 167 183 203 205 220 222 1rgs_ CMP 401 ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE 163 182 184 189 190 197 198 199 200 201 202 203 208 209 210 211 213 258 260 1rgs_ CMP 601 ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE 281 300 302 313 316 321 322 323 324 325 326 327 332 333 334 335 337 371 372 373 1lxjA MSE 1 SELENOMETHIONINE 2 3 54 1lxjA MSE 12 SELENOMETHIONINE 10 11 13 14 22 25 26 29 60 63 64 75 76 77 1lxjA MSE 57 SELENOMETHIONINE 6 8 52 53 54 55 56 58 59 60 61 79 81 1lxjA SO4 224 SULFATE ION 84 87 89 94 97 1hq5A MN 500 MANGANESE (II) ION 101 122 124 128 141 232 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